文献类型： 中文期刊
作者： 周琳 1 ; 张永春 1 ; 蔡友铭 1 ; 杨柳燕 1 ;
作者机构： 1.上海市农业科学院林木果树研究所上海市设施园艺技术重点实验室
关键词： 彩色马蹄莲;基因注释;功能分类;密码子使用偏好性
期刊名称： 上海农业学报
ISSN： 1000-3924
年卷期： 2020 年 36 卷 03 期
页码： 1-8
摘要： 为开展彩色马蹄莲基因功能分析、表型差异研究、分子标记开发和遗传多样性研究,通过Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对2个彩色马蹄莲育成品种‘金丝绒’和‘梦幻’进行转录组测序分析,经de novo组装后获得76 060条unigene,进一步利用4个公共数据库(Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG)对其进行注释,注释了30 321条unigene;并基于转录组数据开展SSR位点预测和密码子使用偏好性分析。结果表明:有10 083个unigene参与了132条KEGG代谢通路,其中代谢途径和次生代谢产物的生物合成途径是unigene最为富集的2个途径; 9 721条unigene序列中共含有13 206个SSR位点;预测到1 115个转录因子,分属于54个家族。此外,彩色马蹄莲密码子使用偏好性较弱,高频密码子为AGG、CAG和AAG。
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