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8个番石榴品种的转录组测序

文献类型： 中文期刊

作者： 张丽梅 1 ; 陈钟佃 2 ; 张朝坤 3 ; 魏秀清 1 ; 许家辉 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

2.福建省农业科学院农业生态研究所

3.福建省漳州市农业科学研究所

关键词： 番石榴;转录组;测序;功能注释

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2021 年 011 期

页码： 1315-1322

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】获得番石榴转录本数据,探讨不同番石榴品种转录本之间差异。【方法】研究通过Illumina HiSeq2500平台对红心（HX）、彩虹（CH）、紫红（ZH）、水晶（SJ）、秀珍（XZ）、彩叶变（CYB）、彩叶（CY）和紫星（ZX）等8个番石榴品种的8～9成熟果肉进行转录组测序,通过组装及数据库比对,获得大量番石榴转录本注释信息。【结果】组装获得了126 979条Unigene,平均长度766 bp,N50为1 654 bp,N90为267 bp;8个番石榴品种间共有27 274个基因为共表达基因。通过主成分分析与差异基因表达聚类分析,发现品种水晶（SJ）和彩叶变（CYB）之间基因功能表达差异较小,品种紫红（ZH）与其他品种之间基因表达差异较大。聚类分析将品种水晶（SJ）和彩叶变（CYB）聚为一类,品种红心（HX）、彩虹（CH）、秀珍（XZ）、彩叶（CY）、紫星（ZX）归为一类,但品种紫红（ZH）与其他品种间距离较远。【结论】本研究结果为后续番石榴种质资源分类、功能基因表达、功能基因鉴定提供了大量可靠的转录组数据。

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