文献类型： 中文期刊
作者： 郭娟 1 ; 辛旭霞 1 ; 冯智尊 1 ; 曹越 1 ; 王晓丹 1 ; 曹晓宁 2 ; SANTRA Dipak K 3 ; 陈凌 2 ; 乔治军 2 ; 王瑞云 1 ;
作者机构： 1.山西农业大学农学院
2.山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室
3.内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心
关键词： 糜子;陕西;荧光SSR;毛细管电泳;DNA分子身份证
期刊名称： 作物学报
ISSN： 0496-3490
年卷期： 2024 年 50 卷 010 期
页码： 2643-2653
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为构建糜子(Panicum miliaceum L.) DNA分子身份证,试验以181份陕西糜子核心种质为材料,对课题组前期开发的糜子特异性SSR标记进行多次PCR筛选和优化后获取核心引物。基于糜子参考基因组信息,经过BLAST序列比对后将核心标记进行染色体定位。在SSR引物的5′端标注荧光(FAM/HEX),根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0进行区分,十进制(0～9)统计扩增片段大小构建材料字符串,用Pop Gene、Power Marker、MEGA、Structure和NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明, 7个荧光SSR(RYW3、RYW6、RYW37、RYW40、RYW43、RYW125和RYW146)组合可区分181份材料,不均匀的分布在5条染色体上,共检测出77个等位变异,平均为11;检出Shannon多样性指数(I)为0.8145 (RYW146)～7.8254 (RYW125),平均5.9076;观测杂合度(Ho)为0.2627 (RYW146)～0.9506 (RYW3);期望观测杂合度(He)为0.3329 (RYW146)～0.8747 (RYW125);Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.3315 (RYW146)～0.8722 (RYW125);多态性信息含量(PIC)为0.5923 (RYW146)～0.9445 (RYW125),平均为0.8419。基于UPGMA将181份资源划分为3个群组。基于主成分分析将材料分为10个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建181份陕西糜子核心种质的DNA分子身份证。
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