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辣椒MicroRNA靶标的预测及其与病毒的关系分析

文献类型： 中文期刊

作者： 严婉荣 1 ; 肖彤斌 2 ; 赵志祥 2 ; 肖敏 2 ; 陈绵才 2 ;

作者机构： 1.海南省农业科学院农业环境与植物保护研究所

2.海南省农业科学院农业环境与植物保护研究所,海南省植物病虫害防控重点实验室

关键词： 辣椒;MicroRNA;病毒;数据库

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2014 年 33 卷 06 期

页码： 1303-1309

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： MicroRNAs(miRNAs)是一类特殊的、具有沉默作用的小分子RNA,其序列在植物中具有高度保守性。本文通过下载已知的植物成熟mi RNA数据库和辣椒的表达序列标签(EST)、基因组测序序列(GSS)及核酸数据库(nr),利用生物信息学方法对辣椒的mi RNA进行了预测与分析。通过二级结构筛选,最终得到11条保守性候选序列,这些辣椒新mi RNA中,有5条来自EST数据库,2条来自GSS数据库,4条来自nr数据库。且11条前体均可折叠形成标准的mi RNA家族二级结构。通过比对,在nr数据库中发现了与病毒相关的25条靶序列。同时,对mi RNA与植物病毒的关系进行了论述。

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