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11种植物psbA基因的密码子偏好性及聚类分析

文献类型： 中文期刊

作者： 晁岳恩 1 ; 吴政卿 1 ; 杨会民 1 ; 何宁 1 ; 杨攀 1 ;

作者机构： 1.河南省农科院小麦研究中心/河南省小麦生物学重点实验室

关键词： psbA基因;密码子偏好性;聚类分析

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2011 年 25 卷 05 期

页码： 101-106

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 植物叶绿体psbA基因的启动子是叶绿体基因工程中常用的启动子,研究该基因的编码特点对完善叶绿体基因工程的研究设计、提高外源基因在受体物种中高效、稳定的表达具有重要作用。本研究综合运用了多种分析软件,对11种植物的叶绿体psbA基因进行了分析。结果表明,11种植物psbA基因的ENC(Effective Number of Codons)值都小于40,显示出了明显的密码子偏好性,即在碱基组成上偏爱以C结尾的密码子。RSCU(Relative Synonymous Codon Usage)值表明共有20个密码子在编码使用上具有偏好性,其中有8个表现出较强的偏好性;另有12个密码子在psbA中出现率极低或没有出现。在聚类分析中,基于密码子偏好性参数RSCU的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于基因序列的聚类更适合作为系统发育分析的参考。

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