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向日葵抗旱自交系叶片转录组SNP位点信息挖掘

文献类型： 中文期刊

作者： 温玉洁 1 ; 赵雅杰 2 ; 朱孔艳 1 ; 赵榕 1 ; 王猛 1 ; 乔益民 3 ; 包海柱 1 ; 高聚林 1 ;

作者机构： 1.内蒙古农业大学农学院

2.内蒙古自治区农牧业科学院

3.内蒙古杭锦后旗益民种子有限责任公司

关键词： 向日葵;干旱胁迫;叶片;SNP

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2023 年 39 卷 009 期

页码： 106-114

收录情况： CSCD

摘要： 为探究响应向日葵干旱胁迫的转录组SNP标记信息,以向日葵抗旱自交系17062为供试材料,利用RNA-seq技术结合生物信息学分析方法,对SNP标记进行统计分析.结果表明,SNP类型分析中,转换率占62.82%,颠换率占37.17%,转换中以C/T发生频率最高,为31.51%.功能原件分布中,分布在外显子区的SNP数量为178744.3个,显著多于其他功能元件.对SNP位点序列注释发现,有76678条SNP基因具有GO注释,4379条具有KEGG注释.筛选GO注释排序前30位(Top30)差异基因(DEGs)中重复存在的SNP基因序列,得到1542条,其中650条基因序列有GO注释.这些差异基因涉及到了多个生物功能与重要代谢途径,对向日葵转录组SNP标记开发、向日葵抗旱种质资源鉴定及抗旱"三系"杂交种选育具有重要意义.

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