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Direct RNA Sequencing表征奶牛乳腺上皮细胞转录组特性的研究

文献类型： 中文期刊

作者： 师志海 1 ; 王文佳 1 ; 王亚州 1 ; 张彬 1 ; 邓廷贤 1 ;

作者机构： 1.河南省农业科学院畜牧兽医研究所;河南牧业经济学院动物医药学院;广西壮族自治区水牛研究所

关键词： 奶牛;乳腺上皮细胞;三代测序;转录组

期刊名称： 中国畜牧杂志

ISSN： 0258-7033

年卷期： 2023 年 59 卷 012 期

页码： 271-276

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究旨在表征奶牛乳腺上皮细胞的转录组特性,为基于乳腺上皮细胞的功能基因组学研究提供参考依据.体外培养奶牛乳腺上皮细胞系(MAC-T),用Nanopre Direct RNA Sequencing(DRS)技术进行了三代转录组测序分析,结合生物信息手段分析转录表达、RNA甲基化修饰和选择性剪切等生物学特征.结果发现,在乳腺上皮细胞中共组装到 55 140 个转录本,其中已知转录本 51 379 个,新发现的转录本 3 761 个.多聚腺苷酸A[poly(A)]分析显示,转录本的表达量与poly(A)尾巴长度呈显著负相关(P<0.0001).在MEC1和MEC3 样本中分别检测到 6 853 个和 6 343 个剪切事件,其中剪切事件发生次数最多的前 3 位是SE、A5 和A3.RNA甲基化修饰检测发现,乳腺上皮细胞中m5C位点数高于m6A位点数,其中这些修饰位点主要分布于CDS区域,其次是 5'UTR和 3'UTR.本研究表征了乳腺上皮细胞转录本、ploy(A)尾巴长度、可变剪切和RNA甲基化修饰等生物学特性,将为乳腺上皮细胞模型的功能基因组学研究提供有效支撑.

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