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圆口铜鱼亲本与子代肝脏转录组特征及对比分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李学梅 1 ; 吴兴兵 1 ; 龚进铃 1 ; 朱永久 1 ; 杨德国 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院长江水产研究所

关键词： 圆口铜鱼;肝脏;转录组;代谢通路网络

期刊名称： 水生生物学报

ISSN： 1000-3207

年卷期： 2020 年 44 卷 004 期

页码： 774-780

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过Illumina HiseqTM 2000测序平台首次开展了圆口铜鱼(Coreius guichenoti)亲本与子代肝脏转录组测序并对比分析其测序结果.对转录组进行拼接和组装,共获得80688个Unigene,Unigene的长度主要分布在401—600 bp,占总Unigene的43.56%.与Nr、GO、COG、KEGG等公共数据库比对并进行功能注释,经分析圆口铜鱼亲本与子代差异表达基因共2701个,其中上调1240个,下调1461个.差异基因表达模式聚类热图显示,同一样本不同重复基因表达相似.将差异基因映射到代谢通路KEGG数据库进行富集分析,并对37个KEGG显著富集的代谢通路(P<0.05)构建其基因共表达网络,结果显示丙酸盐代谢、丙酮酸代谢、原核生物固碳途径、乙醛和二羧酸代谢、脂肪酸代谢、萜类骨架生物合成是KEGG差异表达基因的核心代谢途径,且这些基因在圆口铜鱼子代中表达量均显著上调.该结果丰富了圆口铜鱼基因组数据,并首次从分子水平比较了圆口铜鱼亲本和子代的代谢差异,同时解释了在同一循环水系统中子代不易患病的现象.

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