您好，欢迎访问中国热带农业科学院 机构知识库！
中国热带农业科学院机构知识库

全部

  • 全部
  • 标题
  • 学者
  • 机构
  • 关键词

剑麻斑马纹病菌EST-SSR标记开发与评价

文献类型： 中文期刊

作者： 吴伟怀 1 ; 汪涵 2 ; 汪全伟 2 ; 习金根 2 ; 郑金龙 2 ; 梁艳琼 2 ; 李锐 2 ; 黄兴 2 ; 杨蕊馨 2 ; 贺春萍 2 ; 易克贤 3 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;海南大学热带农林学院;中国热带农业科学院科技信息研究所

2.;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;海南大学热带农林学院;中国热带农业科学院科技信息研究所

3.;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;海南大学热带农林学院;中国热带农业科学院科技信息研究所;

关键词： 剑麻斑马纹病菌;表达序列标签(EST);SSR;分子标记

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2017 年 06 期

页码： 1094-1100

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 剑麻斑马纹病是剑麻生产中具有破坏性的一种真菌病害。本研究从Gen Bank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest)中随机下载10 525条寄生疫霉EST序列,经过去冗余处理后得到5 519条无冗余EST。利用MISA(MIcro SAtellite identification tool)软件进行SSR发掘,从中共搜索到199个1~6碱基SSR,其中三核苷酸重复基元类型最多,共鉴定到55个,占SSR总数的27.6%;其次是二核苷酸重复基元类型和单核苷酸重复基元类型,分别鉴定到51和47个,各占所鉴定SSR总数的25.6%和23.6%。进一步分析表明,AG/CT二核苷酸重复基元类型为优势重复类型,占二核苷酸SSR总数的76.5%。而AAG/CTT和AGC/CTG 2个基元类型在三核苷酸中出现频率最多,分别为15和11次,分别占三核苷酸SSR总数的27.3%及20.0%。从鉴定的199个SSR中,选取含有SSR的合适区段设计了22对引物,并通过18个剑麻斑马纹病菌菌株的基因组DNA进行了评价,结果只有其中9对引物能从剑麻斑马纹病菌基因组DNA中有效扩增,其扩增移效率为40.9%。由此表明,利用此方法来开发剑麻斑马纹病菌的分子标记具有可行性,只是存在一个转移效率问题。

  • 相关文献

[1]剑麻斑马纹病菌多聚半乳糖醛酸酶Szpg6～Szpg10基因的分子检测及其序列分析. 吴伟怀,贺春萍,郑金龙,习金根,郑肖兰,梁艳琼,刘巧莲,李锐,易克贤. 2016

[2]剑麻斑马纹病菌生长和产孢方法的研究. 赵艳龙,周文钊,张燕梅,何衍彪,常金梅,李国平. 2012

[3]分子标记技术及其在牧草中的应用. 黄艳霞,白昌军. 2008

[4]椰子SSR标记的开发. 罗意,黄绵佳,范海阔,肖勇. 2012

[5]基于三角梅转录组测序的SSR分子标记的开发. 赵彤,常圣鑫,冷青云,徐世松,尹俊梅,牛俊海. 2019

[6]绥农14鼓粒期籽粒cDNA文库构建及初步分析. 王跃平,李英慧,陈雄庭,常汝镇,邱丽娟. 2008

[7]Whole genome re-sequencing and transcriptome analysis of the Stylosanthes Anthracnose pathogen Colletotrichum gloeosporioides reveal its characteristics. Huang, H. P.,Huang, H. P.,Huang, J. H.,Zheng, J. L.,Yi, K. X.,Ma, S.. 2016

[8]Genetic Diversity Analysis of Pepper Inbred Lines. Liu, Ziji,Yang, Yan,Cao, Zhenmu. 2015

[9]Characterization of Novel Di-, Tri-, and Tetranucleotide Microsatellite Primers Suitable for Genotyping Various Plant Pathogenic Fungi with Special Emphasis on Fusaria and Mycospherella graminicola. Abd-Elsalam, Kamel A.,Bahkali, Ali H.,Abd-Elsalam, Kamel A.,Verreet, Joseph-Alexander,Abd-Elsalam, Kamel A.,Khiyami, Mohamed A.,Guo, Jian-Rong. 2012

[10]Development of microsatellite markers in Cocos nucifera and their application in evaluating the level of genetic diversity of Cocos nucifera. Xiao, Yong,Luo, Yi,Yang, Yaodong,Fan, Haikuo,Xia, Wei,Zhao, Songlin,Qiao, Fei,Fan, Haikuo,Sager, Ross,Mason, Annaliese S.,Mason, Annaliese S.. 2013

[11]Development of gene-based simple sequence repeat markers for association analysis in Cocos nucifera. Xia, Wei,Xiao, Yong,Liu, Zheng,Luo, Yi,Fan, Haikuo,Yang, Yaodong,Zhao, Songlin,Mason, Annaliese S.,Fan, Haikuo,Peng, Ming. 2014

[12]Characterization and utilization of microsatellites in the Coffea canephora genome to assess genetic association between wild species in Kenya and cultivated coffee. Ogutu, Collins,Fang, Ting,Wang, Lu,Ma, Baiquan,Deng, Xianbao,Owiti, Albert,Han, Yuepeng,Ogutu, Collins,Owiti, Albert,Han, Yuepeng,Yan, Lin,Huang, Lifang,Wang, Xiaoyang,Ogutu, Collins,Fang, Ting,Ma, Baiquan,Owiti, Albert,Nyende, Aggrey. 2016

[13]Constructing a Genetic Linkage Map Using an F-1 Population of Non-inbred Parents in Cassava (Manihot esculenta Crantz). Chen, Xin,Xia, Zhiqiang,Fu, Yuhua,Lu, Cheng,Wang, Wenquan.

[14]Construction of Progeny Population with Resistance to Mango Anthracnose and Their Identification by SSRs. Yao, Q. S.,Ma, X. W.,Lei, X. T.,Zhan, R. L.,Wang, S. B.,Wu, H. X..

[15]CONSTRUCTION AND CHARACTERIZATION OF A TENTATIVE AMPLIFIED FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM-SIMPLE SEQUENCE REPEAT LINKAGE MAP OF LAMINARIA (LAMINARIALES, PHAEOPHYTA). Yang, Guanpin,Sun, Ying,Shi, Yuanyuan,Zhang, Linan,Guo, Shanshan,Li, Bingjun,Li, Xiaojie,Li, Zhiling,Cong, Yizhou,Zhao, Yushan,Wang, Wenquan.

[16]云南超高产橡胶树的SSR、AFLP和TRAP分析. 张燕燕,黄华孙,胡彦师,程汉,安泽伟. 2010

[17]热辣2号辣椒纯度鉴定及优良自交系遗传多样性分析. 刘子记,杨衍,孙继华,刘昭华,曹振木. 2014

[18]芒果SSR-PCR反应体系的优化. 黄丽芳,雷新涛,姚全胜,刘洋,苏俊波,詹儒林. 2010

[19]利用SSR标记鉴定热研二号油绿苦瓜杂交种纯度. 刘子记,詹园凤,杨衍. 2014

[20]椰子种质资源遗传多样性的SSR分析. 周丽霞,曹红星. 2018

作者其他论文 更多>>
置顶
购物车
反馈

© 京ICP备09089781号-29 主办单位：中国热带农业科学院

学术资源： 中国农业科学院 农业专业知识服务系统 农科联盟资源共建共享平台 中国农业科技文献与信息服务平台 中国农业期刊集成服务平台