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棉花EST-SSR新标记特征及其遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 梁维维 1 ; 张大伟 1 ; 陈全家 1 ; 曲延英 1 ; 高文伟 1 ;

作者机构： 1.新疆农业大学农学院

关键词： 棉花;EST-SSR;标记开发;聚类分析

期刊名称： 新疆农业大学学报

ISSN： 1007-8614

年卷期： 2013 年 36 卷 02 期

页码： 118-123

收录情况： 北大核心

摘要： 利用棉花EST序列数据库开发EST-SSR标记,对108 558条棉花EST序列进行SSR搜索,针对286条含有SSR的EST序列设计合成了107对引物,选用12个棉花品种进行有效性检测。结果表明,在陆地棉EST-SSR中,二核苷酸和三核苷酸占主导地位,所占比例分别为32.0%和53.6%;出现最多的重复基元是AT/TA,占总数的19.6%;在海岛棉EST-SSR中,三核苷酸和六核苷酸占主导地位,所占比例分别为36.6%和36.8%;出现最多的重复基元是AT/TA,占总数的7.4%。PCR检测表明,93个引物对(86.9%)可以扩增出稳定清晰条带458条,平均每对引物检测到4.93个位点。利用93对多态性引物,初步对12份棉花种质资源进行遗传多样性分析,将供试材料按亲缘关系远近分为3大类,来源相同的品种大致聚在一类,呈现出一定的地域性分布规律。分析结果表明,从棉花相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的实用性。

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