文献类型： 中文期刊
作者： 李华勇 1 ; 王显生 1 ; 王艳平 1 ; 吴燕 1 ; 沈奇 1 ; 贾新平 2 ;
作者机构： 1.江苏省农业科学院粮食作物研究所
2.江苏省农业科学院园艺研究所
关键词： 海滨雀稗;分子标记;EST-SSR;遗传多样性
期刊名称： 中国农学通报
ISSN： 1000-6850
年卷期： 2016 年 32 卷 30 期
页码： 96-102
摘要： 本研究探讨海滨雀稗EST序列中SSR位点的分布特征,开发EST-SSR引物分析其在草坪草种质资源遗传多样性研究中的应用。利用SSRIT软件对81220条海滨雀稗EST序列进行SSR位点搜索,分析EST-SSR的分布和特点,并利用Primer 3.0软件设计50对引物,选择10份草坪草对引物进行有效性和多态性检测。结果表明,从13705条海滨雀稗EST序列中检测到了22721个SSR位点,出现频率为16.87%。三核苷和单核苷酸重复为主要类型,所占比例分别为31.71%和29.28%。在检测到的163种基元中,出现最多的重复基元是A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。选择合成了50对EST-SSR引物,以海滨雀稗‘Adalady’基因组DNA为模板进行PCR扩增,其中37对引物能扩增出条带。利用这些引物对10份草坪草品种进行多态性检测,其中12对引物的扩增结果具有多态性。利用开发的EST-SSR标记对10份草坪草进行聚类分析,可将其分为4类。利用海滨雀稗EST序列开发SSR标记是可行的,开发的EST-SSR标记能有效用于草坪草遗传多样性研究。
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