文献类型： 中文期刊

作者： 马宇 ¹ ; 于海峰 ² ; 侯建华 ¹ ; 石煜 ¹ ; 温蕊 ¹ ; 李振 ¹ ;

作者机构： 1.内蒙古农业大学农学院

2.内蒙古自治区农牧业科学院

关键词： 向日葵;SLAF-seq;SNP

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2018 年 18 期

页码： 5994-6000

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为解决向日葵基因组序列庞大及基因位点挖掘的问题,试验共收集了122份向日葵资源材料,利用SLAF-seq技术,以菊科小蓬草基因组作为参考基因组进行酶切预测,水稻日本晴测序数据为对照进行比对,获得多态性标签,并开发大量特异性SNP。本研究共获得477.76 M Reads数据,读长范围在1 329 754~5 770 666之间,对照数据的双端比对效率为92.96%,酶切效率为95.07%,平均Q30为92.32%,平均GC含量为43.04%,每个样本平均开发171 684个SLAF标签,样本SLAF标签的平均测序深度为20.07 x,通过生物信息学分析,共获得1 105 347个SLAF标签,其中多态性SLAF标签共有86 985个,共鉴定到414 692个群体SNP。这些SNP位点可为向日葵特异SNP标记的开发、资源鉴定分析以及农艺性状的关联分析等提供理论依据。