文献类型： 中文期刊

作者： 王元浩 ¹ ; 王培培 ¹ ; 肖珊 ¹ ; 张盛 ¹ ; 唐永凯 ² ; 黄彩林 ¹ ; 张志新 ¹ ; 郑海涛 ¹ ; 曹寿雄 ¹ ; 廖愚 ¹ ;

作者机构： 1.广西水产引育种中心

2.中国水产科学研究院淡水渔业研究中心/农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室

关键词： 南方白甲鱼;差异表达基因(DEGs);性别差异;代谢通路;SSR位点

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2025 年 56 卷 006 期

页码： 1739-1751

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]通过转录组学分析揭示南方白甲鱼雌、雄性个体在基因表达及代谢通路上的差异,为其种质资源的开发利用提供参考依据.[方法]基于Illumina HiseqTM 2000平台对南方白甲鱼雌、雄性成鱼的脑组织、肝脏和肌肉混合样本进行转录组测序,经质量控制及拼接组装获得的Unigenes通过Nr、COG/KOG、KEGG和SWISS-PROT数据库进行功能注释,然后以FDR≤0.05、|log2 Fold Change|≥1且P<0.05为标准筛选出差异表达基因(DEGs),利用GO功能注释和KEGG代谢通路富集分析DEGs的生物学功能及代谢通路,并通过MISA筛选SSR位点.[结果]6个南方白甲鱼组织样本转录组测序共获得59628条Unigenes,N50长度为2209 bp,在Nr、COG/KOG、KEGG和SWISS-PROT数据库中的注释成功率为55.82%,以Nr数据库的Unigenes注释数量最多(33201条),且71.06%的注释基因与斑马鱼同源.雌、雄性南方白甲鱼转录组间共存在3116个DEGs,其中2254个呈下调表达、862个呈上调表达,上调表达排名前10的DEGs中有4个未被注释且仅在雄性南方白甲鱼样本中表达;DEGs主要注释到单生物过程、代谢过程、细胞过程、结合及催化活性等GO功能条目;KEGG代谢通路富集分析发现有614个DEGs富集在158条KEGG代谢通路上,涉及脂质代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、内分泌系统、运输与分解代谢等类别.从南方白甲鱼转录组共筛选出12012个SSR位点,其中以二核苷酸型SSR位点最多(6740个),占56.11%.[结论]雌、雄性南方白甲鱼转录组中存在大量DEGs,导致雌、雄性个体在不同营养物质代谢的利用能力和策略上存在明显差异,且雌性南方白甲鱼的代谢能力可能更强.因此,后续开展南方白甲鱼生长性能、抗逆性等研究时应将性别代谢差异纳入变量因素.