文献类型： 中文期刊

作者： 乔雨 ¹ ; 石凤翎 ¹ ; 张雨桐 ¹ ; 钱亚斯 ¹ ; 闫伟 ¹ ; 伊风艳 ² ;

作者机构： 1.内蒙古农业大学草原与资源环境学院草地资源教育部重点实验室

2.内蒙古自治区农牧业科学院中国科学院内蒙古草业研究中心

关键词： 蒙农红豆草;花瓣转录组;微卫星SSR

期刊名称： 西北农林科技大学学报(自然科学版)

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年卷期： 2020 年 012 期

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收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础.[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeq^TM 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析.[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene,其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13%),二核苷酸次之(22.07%);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16%),其次为AAG/CTT(14.30%);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种).随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少.蒙农红豆草SSR长度为12~441 bp,主要集中在12~24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3 130条(38.29%).[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值.