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基于RNA-seq的两种柳树转录组微卫星特征比较分析

文献类型： 中文期刊

作者： 郑纪伟 1 ; 周洁 1 ; 王保松 1 ; 何旭东 1 ;

作者机构： 1.江苏省林业科学研究院;江苏省农业种质资源保护与利用平台柳树资源圃

关键词： RNA-seq;微卫星;EST-SSR;柳树

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2019 年 05 期

页码： 1558-1566

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 随着高通量测序技术的飞速发展,转录组测序为EST-SSR标记的开发提供了重要的信息资源。为阐明柳树中EST-SSRs的变化情况,本研究以垂柳和簸箕柳转录组序列为来源,分析并比较了两种柳树中EST-SSR的分布规律及特征。结果表明:垂柳与簸箕柳中EST-SSR发生频率分别为3.6%和4.8%,SSR的重复数量和碱基类型呈负相关,而重复数量与EST-SSR总长度或EST-SSRs总数量呈正相关。二、三碱基重复在两种柳树中均为主要类型,三碱基重复占比最大(垂柳为47.5%,箕柳簸为47.8%),五碱基重复占比最小(垂柳为2.4%,簸箕柳为1.9%)。两种柳树中,(AG/CT)、(AAG/CTT)、(AAAT/ATTT)和(AAAAG/CTTTT)分别为不同碱基重复中最丰富的基元类型,而(AAACCG/CGGTTT)和(AGAGGG/CCCTCT)分别为垂柳和簸箕柳六碱基重复中最主要类型。通过侧翼序列分析,EST-SSR趋向产生于A/T富集区域。此外,共有1 305个垂柳EST-SSR和2 463个簸箕柳EST-SSR被成功定位到毛果杨染色体上。本研究将为后期柳树EST-SSR标记的开发及分子遗传学的研究提供科学依据。

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