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牙鲆MHC-DAA结构及其等位基因多态性

文献类型： 中文期刊

作者： 徐田军 1 ; 陈松林 2 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室

2.浙江海洋学院海洋科学学院

关键词： 牙鲆;DAA基因结构;等位基因;多态性

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2009 年 31 卷 10 期

页码： 1020-1028

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了探讨牙鲆MHC-DAA等位基因的多态性,根据牙鲆(Paralichthys olivaceus)MHC-DAA的cDNA序列设计特异引物,扩增内含子序列。牙鲆DAA基因由4个外显子和3个内含子组成,与大西洋鲑(Salmo salar)DAA基因结构相同,在内含子2中存在一个高度多态的微卫星位点(GT)n。根据获得的MHC-DAA基因组序列设计特异性引物,在45尾牙鲆中扩增了包括完整外显子2和内含子2的长度约670bp的DNA片段,克隆测序后共发现30个MHC-DAA等位基因,各等位基因的频次及其各主型中亚型的数目都不均衡。在249bp的外显子2序列中共有55个位点发生变异,核苷酸多样性指数为0.0887,编码的氨基酸序列中多态变异位点31个,其中简约信息位点30个,单变异位点1个。非同义替代与同义替代的比率在PBR(Peptide binding region)和非PBR结合区分别为3.30和2.43,分析证明平衡选择是牙鲆存在众多DAA等位基因的发生机制。

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