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核盘菌和灰葡萄孢基因组中的简单重复序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李伟 1 ; 陈怀谷 1 ; 张爱香 1 ; 陈丽华 1 ; 姜伟丽 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院植物保护研究所

关键词： 核盘菌;灰葡萄孢;简单重复序列;群体遗传学

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2007 年 29 卷 09 期

页码： 1154-1160

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用公共的真菌基因组数据库资源,对核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度及最长序列等进行了系统分析,并与已经研究过的禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum),稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)和黑粉菌(Ustilago maydis)等几种植物病原真菌基因组中的SSRs进行了比较。结果表明:核盘菌和灰葡萄孢基因组中的SSRs非常丰富,分别为6539和8627个,并且在结构类型和分布规律上具有一定的相似性;与其他几种病原真菌相比,核盘菌和灰葡萄孢基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,从而使得这两种真菌具有更高的变异性。同时,我们发现真菌基因组中SSRs的丰度与基因组的大小及GC含量没有必然的关系。文章对核盘菌和灰葡萄孢基因组中SSRs的丰度、出现频率及最长基序的分析为快速、便捷地设计多态性丰富的SSRs引物提供了有益的信息。

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