文献类型： 中文期刊

作者： 王为 ¹ ; 王长彪 ² ; 刘方 ³ ; 陈浩东 ⁴ ; 王琳 ³ ; 王春英 ³ ; 张香娣 ³ ; 王玉红 ³ ; 王坤波 ³ ;

作者机构： 1.中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室;江苏沿海地区农业科学研究所 / 农业部沿海盐碱地 科学观测实验站

2.山西省农业科学院棉花研究所

3.中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室

4.中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室;湖南省棉花科学研究所 / 国家杂交棉研究推 广中心

关键词： 棉花;EST-SSR标记;冗余性;多态性;通用性

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2012 年 38 卷 08 期

页码： 1443-1451

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用ClustalX等软件对公共数据库现有的393753条棉花EST序列分析,得到349815条非冗余EST序列,借助自主开发的SSRmine软件共发掘SSR位点11372个,分布于10507条EST中,EST-SSR的频率是3%,平均相隔21kb出现一个SSR。在2～6bp的重复基元中,三核苷酸和六核苷酸分别占34.1%、40.6%,二、三、四、五和六核苷酸基序分别以AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT和AAAAAG/CTTTTT的类型最多。利用去冗余的且在亚洲棉、陆地棉、海岛棉中没有被开发过的410条EST序列设计开发了200对非冗余性SSR引物,利用自主开发的SSRD软件通过SSR引物序列下载、预处理、Blastn、提取相似性分值≥81%的引物编号、提取引物冗余对、冗余引物写成一行6个步骤去除来源于自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种相似性SSR引物,得到了非相似性引物,定名为CRIXXX(CRI即Cotton Research Institute)。并分别选用棉花12个种的代表性材料对其中100对进行引物功效评价,包括多态信息含量(polymorphism information content,PIC)及引物通用性研究。结果显示,从自主开发的100对SSR引物筛选出56对均能在12份材料间扩增出稳定明显的条带,其中多态性引物35对,多态率占35%。引物的PIC变幅为0.097～0.888,平均为0.482;1对海岛棉EST-SSR引物在12份材料间的通用性为100%,25对亚洲棉引物通用性为81%,74对陆地棉引物通用性为80.1%。