文献类型： 中文期刊

作者： 李洪亮 ¹ ; 程杜娟 ¹ ; 孙玉友 ¹ ; 魏才强 ¹ ; 曲金玲 ¹ ; 解忠 ¹ ; 宋泽 ¹ ; 时新瑞 ¹ ;

作者机构： 1.黑龙江省农业科学院牡丹江分院

关键词： 水稻;简化基因组;测序;生物信息学分析

期刊名称： 黑龙江农业科学

ISSN： 1002-2767

年卷期： 2025 年 006 期

页码： 1-8

摘要： 为分析黑龙江省第三积温带和第一积温带寒地粳稻重要种质资源龙粳31和稻花香2号的基因型，促进寒地粳稻育种研究，以龙粳31和稻花香2号为试验材料，对其简化基因组进行了测序及生物信息学分析。结果表明，共获得17 410个变异位点，其中15 123个SNP变异，2 287个InDel变异。在SNP变异中，有10 944个是转换类型(A/G和C/T),有4 179个是颠换类型(A/C、A/T、C/G和G/T),转换颠换比(Ts/Tv)为2.62。在两个水稻品种中，SNP和InDel变异数量分布最多的为水稻8号和10号染色体，其次为水稻3号、4号、6号、11号和12号染色体，且在SNP变异数量分布较多的染色体上其InDel数量也相对较多。同时对基因、内含子、外显子、各类突变和非编码片段等注释结果进行了分类，在两个品种间获得了较为详细的参考序列对应等位基因和非参考序列等位基因信息，以及SNP和InDel的变异注释等。