文献类型： 中文期刊
作者： 司诚 1 ; 钟启文 1 ; 杨世鹏 1 ;
作者机构： 1.青海大学农林科学院青海省蔬菜遗传与生理重点实验室;青海大学农牧学院
关键词： 香瓜茄;基因组;PacBio三代测序技术;基因注释
期刊名称： 生物技术通报
ISSN： 1002-5464
年卷期： 2022 年 38 卷 009 期
页码： 180-190
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性.为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础.以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术构建及组装香瓜茄全基因组数据库.利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装、功能注释以及进化分析研究.结果表明,获得54.11 Gb Illumina HiSeq数据;获得55.08 Gb PacBio数据,reads平均长度为14179 bp;获得Hi-C数据量约143 Gb;拼接得到该基因组contig序列总长为1.16 Gb,Hi-C纠错后contig N50为22.63 Mb;Hi-C挂载染色体,共有1.12 Gb长度的序列可以挂载到12条染色体上,占比97.16%;其中,能够确定顺序和方向的序列长度为1.08 Gb,占定位染色体序列总长度的96.11%,得到基因组大小1.25 Gb;预测有64.22%的重复序列,41571个基因,99.06%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中;预测得到4360个tRNA、5677个rRNA、154个miRNA;得到449个假基因.香瓜茄与马铃薯的进化时间大约在12.82 MYA.
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