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橡胶树EST-SSRs发掘研究

文献类型： 中文期刊

作者： 华玉伟 1 ; 卢轶 1 ; 龙青姨 1 ; 曾霞 1 ; 胡彦师 1 ; 黄华孙 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所农业部热带作物栽培生理学重点开放实验室国家橡胶树育种中心

关键词： 橡胶树;分子标记;EST-SSRs

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2008 年 29 卷 05 期

页码： 52-57

收录情况： CSCD

摘要： 随着橡胶树大量ESTs序列的产生,为EST-SSRs发掘提供了丰富的公共序列资源。本研究首先将11809条橡胶树ESTs组装成3932条非冗余序列,其中323条ESTs检索到SSRs358个,SSRs出现的频率为9.1%。SSR重复单元共93种,其中二核苷酸重复(57.5%)、三核苷酸重复(26.0%)和六核苷酸重复(12.8%)占所有重复单元的96.3%。对323条SSR-ESTs进行特异扩增引物设计,共获得158对引物,对48份包括31份魏可汉种质、12份1981'野生种质、2份色宝橡胶、2份光亮橡胶和1份少花橡胶扩增,其中60对引物扩增出1条预期长度DNA片段,占所有设计引物的38%,并筛选到40对具有多态性的引物。EST-SSRs标记的发掘为巴西橡胶树分子辅助育种、种质资源功能遗传多样性分析等研究提供了良好的标记。

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