文献类型： 中文期刊

作者： 吴伟怀 ¹ ; 贺春萍 ¹ ; 严传帝 ² ; 郑金龙 ¹ ; 李锐 ¹ ; 郑肖兰 ¹ ; 刘巧莲 ³ ; 易克贤 ¹ ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院环境与植物保护研究所

2.海南大学环境与植物保护研究所

3.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词： 黑曲霉;剑麻;SSR标记

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2014 年 35 卷 04 期

页码： 147-152

收录情况： CSCD

摘要： 下载Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),并按含有2~10个碱基重复、碱基数在18 bp以上的SSR基元为标准进行SSR鉴定。结果从A.niger ATCC 1015全基因组中,共发现4 000个2~10碱基SSR,其中含9个碱基重复基元类型最多,共有1 433个,占所鉴定SSR总数的35.8%。其次为6个碱基重复基元类型,共有753个,占SSR总数的18.8%;接着为3个碱基重复类型,共有547个,占13.6%。从鉴定出来的SSR中,选择含有SSR的合适区段,从中设计了36对引物,对剑麻茎腐病菌17个菌株的基因组DNA进行了PCR检测,发现这些引物都能从剑麻茎腐病菌基因组DNA中有效扩增。由此表明,黑曲霉ATCC 1015菌株基因组SSR在剑麻茎腐病菌基因组中具有通用性。这为研究剑麻茎腐病菌群体遗传变异、多样性和进化,定位和克隆功能基因等提供了分子标记。