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金毛狗转录组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 蔡时可 1 ; 梅瑜 1 ; 陈炜玲 1 ; 史广生 1 ; 李静宇 1 ; 王继华 1 ;

作者机构： 1.广东省农作遗传改良重点实验室/广东省农业科学院作物研究所;广东省道地南药资源保护与利用工程技术研究中心;广东良田农林科技有限公司

关键词： 金毛狗;转录组;单基因簇;功能注释;简单重复序列(SSR)

期刊名称： 广州中医药大学学报

ISSN： 1007-3213

年卷期： 2022 年 06 期

页码： 1390-1396

摘要： 【目的】利用二代高通量测序技术获得金毛狗的转录组信息。【方法】金毛狗叶片总RNA经过提取、建库、测序和组装，获得单基因簇（Unigene）序列，再进行注释和分析，得到金毛狗转录组信息。【结果】共获得877 918条金毛狗Unigene，平均长度为697.85 bp,N50为1 262 bp。其中，33 682条（38.37%）Unigene在数据库中获得功能注释，并与江南卷柏的序列相似度最高。分别有20 379条和25 246条Unigene在京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）数据库获得注释，包括代谢过程、刺激响应、生物调节、转运活性等。此外，4 605条1 000 bp以上Unigene经过卫星识别工具（MISA）进行简单重复序列（SSR）检测，共鉴定到6 456个SSR位点，并使用Primer 3.0软件设计引物。【结论】金毛狗的转录组信息为其生物学过程、次生代谢通路和功能基因的挖掘提供了遗传资源信息，有利于其资源保护和开发利用。

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