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枣结果枝核糖体蛋白的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 戎宏立 1 ; 王长彪 2 ; 李倩 1 ; 孟玉平 2 ; 曹秋芬 1 ;

作者机构： 1.山西大学生物工程学院

2.山西省农业科学院生物技术研究中心

关键词： 枣结果枝;EST分析;核糖体蛋白;生物信息学

期刊名称： 山西农业科学

ISSN： 1002-2481

年卷期： 2013 年 41 卷 02 期

页码： 110-114+145

摘要： 应用生物信息学的方法对枣(Ziziphus jujuba Mill.)生长初期结果枝的cDNA文库ESTs进行了功能注释,查找核糖体蛋白基因,并对其氨基酸序列组成、基本理化性质、蛋白质二级结构、疏水性/亲水性及潜在磷酸化位点等进行了初步分析预测,旨在了解其结构特征,进而发掘枣树的优良基因。结果表明,625个ESTs中,有397个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复ESTs 77个);将320条ESTs通过KEGG数据库进行代谢分析,得到123条ESTs的62个代谢途径。对获得的枣树24个核糖体蛋白进行分析发现,其分子量在6 931.12～32 764.44之间,α-螺旋和无规则卷曲是其主要的结构元件,多肽链都表现为亲水性,磷酸化潜在位点普遍存在于核糖体蛋白多肽链中;并构建了24个核糖体蛋白的进化树,对其分子进化进行了探讨。

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