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芜菁实时荧光定量PCR内参基因筛选

文献类型： 中文期刊

作者： 任延靖 1 ; 韩睿 2 ; 赵孟良 1 ;

作者机构： 1.青海大学农林科学院

2.青海省农林科学院

关键词： 芜菁;内参基因;实时荧光定量PCR;TIP41

期刊名称： 青海农林科技

ISSN：

年卷期： 2021 年 003 期

页码： 1-6

摘要： 为筛选适宜芜菁（Brassica rapa L.ssp.rapa）基因表达分析的内参基因,在ICG（http://icg.big.ac.cn/index.php/MainPage）中以十字花科作物为参照选择10个候选内参基因。实时荧光定量PCR结果显示ACT、TIP41、Tub-a、UBC30、CyP、UBC21 6个内参基因重复性较好,均能特异扩增并有较高的扩增效率,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对内参基因在不同组织中的表达稳定性进行分析,为芜菁基因差异表达研究提供可靠的内参基因,以确保分析结果的可靠性。结果表明,ACT、Tub-a和CyP的M值大于geNorm程序的默认值1.5,稳定性相对较差,6个候选内参基因的表达稳定性排序为:UBC21=TIP41>UBC30>ACT>Tub-a>CyP,所以,UBC21和TIP41是最稳定的组合。NormFinder的分析结果显示稳定性排序为TIP41>ACT>Tub-a>UBC30>UBC21>CyP,TIP41为最优内参基因,与geNorm分析结果一致,BestKeeper分析结果同geNorm和NormFinder的结果一致。通过RefFinder软件综合分析得出TIP41和UBC21为芜菁不同组织基因表达分析比较理想的内参基因,本研究首次评价了芜菁内参基因的稳定性,为该物种基因表达分析提供了参考。

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