文献类型： 中文期刊

作者： 成启明 ¹ ; 格根图 ¹ ; 撒多文 ² ; 王志军 ³ ; 范文强 ⁴ ; 卜振鲲 ¹ ; 司强 ¹ ; 李俊峰 ¹ ; 卢娟 ⁵ ; 贾玉山 ¹ ;

作者机构： 1.内蒙古农业大学草原与资源环境学院

2.内蒙古自治区科技信息研究院

3.内蒙古自治区草原勘察规划院

4.内蒙古自治区农牧业科学院

5.四川省会东县农牧局

关键词： 紫花苜蓿;转录组测序;营养品质;de novo组装;差异基因

期刊名称： 草业学报

ISSN： 1004-5759

年卷期： 2019 年 28 卷 10 期

页码： 199-208

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了丰富紫花苜蓿转录组数据信息,找出不同品种紫花苜蓿的差异基因及代谢通路。通过Illumina HiSeq 4000平台对准格尔和WL319HQ的苜蓿叶片的RNA文库进行de novo组装。得到了约39G总的核苷酸,2亿多个reads,组装得到66734个Unigenes,平均长度为869 bp。将所得到的Unigenes与NCBI nonredundant protein(Nr),A manually annotated and reviewed protein sequence database(Swissprot),Clusters of eukaryotic orthologous groups(KOG)和Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)数据库比对,分别获得44888(67.26%),29190(43.74%),24844(37.23%)和15647(23.45%)条序列的注释信息。在2个紫花苜蓿叶片中找到1098个差异表达基因(DEGs),其中有706个上调,392个下调(准格尔-vs-WL319HQ)。对其差异基因做了Gene ontology(GO)功能分析和KEGG途径分析,初步分析了2个品种营养品质差异的内在原因。极大地丰富了紫花苜蓿转录组数据信息,为今后紫花苜蓿的转录组测序提供理论依据,同时为紫花苜蓿生产实践提供参考。