文献类型： 中文期刊

作者： 周钱森 ¹ ; 任宪云 ² ; 史鲲鹏 ² ; 于振兴 ¹ ; 刘萍 ² ; 李健 ² ;

作者机构： 1.水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学)

2.中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室

关键词： 锦绣龙虾;全长转录组;三代测序;功能注释

期刊名称： 海洋渔业

ISSN： 1004-2490

年卷期： 2021 年 43 卷 005 期

页码： 542-552

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了获得锦绣龙虾(Panulirus ornatus)丰富的转录组信息和功能基因,采用PacBio平台的Single Molecule Real-Time测序技术,对锦绣龙虾鳃、肝胰脏、肌肉、胃、肠、脑和心脏混合组织进行全长转录组测序,首次获得锦绣龙虾的全长转录本文库.通过测序拼接和去冗余后共获得13297条Unigene,平均长度为2627 bp,获得12660个蛋白编码区和6315条长链非编码RNA序列.采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,共检测出14277个SSR位点,分布在8813条Unigene中.利用NCBI非冗余蛋白序列数据库(non-redundant protein sequences,NR)、基因功能描述分类系统(gene ontology,GO)、蛋白质真核同源数据库(eukaryotic orthologous groups,KOG)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等数据库对全长序列进行功能注释,其中11806条序列得到NR数据库注释,分别比对到424个物种,其中与钩虾(Hyalella azteca)基因相似的序列最多,为3907条;将获得的锦绣龙虾单基因簇与GO数据库进行匹配,划分为细胞组分、分子功能、生物学过程3大类;KOG功能注释将9433条单基因簇分为26个功能组分,其中一般功能预测的最多,为1413条;KEGG注释结果发现,与信号转导通路以及转运、分解代谢通路中注释的基因较多.通过全长转录组测序数据分析及功能注释,可为进一步了解锦绣龙虾的生物学特性、基因功能、相关代谢途径和信号通路等提供理论基础.