文献类型： 中文期刊

作者： 李昂 ¹ ; 吴志明 ² ; 周志林 ² ; 赵冬兰 ² ; 张安 ² ; 马代夫 ² ; 李亚栋 ² ; 唐君 ² ; 曹清河 ² ;

作者机构： 1.中国农业科学院甘薯研究所

2.中国农业科学院甘薯研究所,江苏徐州甘薯研究中心,农业部甘薯生物学与遗传育种重点实验室;河北省农林科学院经济作物研究所

关键词： 甘薯近缘野生种;基因组;Fosmid文库;文库筛选体系

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2014 年 29 卷 02 期

页码： 48-53

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I.trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I.trifida(2x,编号DLP4597)基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平滑化和磷酸化处理,脉冲场电泳回收33~48 kb的DNA片段,然后连接到Fosmid载体pCC1FOS(Epicentre)上,包装转化大肠杆菌EPI300,构建了I.trifida的基因组Fosmid文库,该文库包含101 952个单克隆,保存于1 062个96孔培养板中,平均插入片段35 kb,覆盖基因组约6.7倍,理论上任意片段筛出率达到99.88%。以20个96孔板为一组构建三维PCR筛选体系,共分为53个组(第53组包含22个96孔板),每组包含1个超级池,20个板池,12个列池,8个行池,理论上最多通过93个PCR反应即可筛选到1个阳性单克隆。随机选择来自I.trifida的10个基因进行文库克隆筛选,平均阳性克隆数为8.2个,最少阳性克隆数为3个,最多为16个。