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独脚金转录组特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张龙 1 ; 蔡时可 1 ; 孙金锴 1 ; 梅瑜 1 ; 王继华 1 ;

作者机构： 1.广东省农作遗传改良重点实验室,广东省农业科学院作物研究所;华中农业大学植物科学技术学院

关键词： 独脚金;转录组;Unigenes;功能注释;简单重复序列(SSR)

期刊名称： 广州中医药大学学报

ISSN： 1007-3213

年卷期： 2023 年 08 期

页码： 2042-2048

摘要： 【目的】获取独脚金[Striga asiatica(L.)O. Kuntze.]的转录组信息特征。【方法】提取独脚金叶片和茎的总RNA、建库、测序、组装，以注释和比对等生物信息分析技术得到独脚金转录组的遗传信息。【结果】共获得38 096 466个高质量Reads，通过de novo组装获得41 918条Unigenes,N50长度为1 754 bp，平均长度1 029 bp。共有27 375条Unigenes（占65.31%）在CDD、PFAM、KEGG、KOG、GO、NR、NT等数据库中得到注释。其中NR数据库注释到27 187条Unigenes，在KEGG中注释到5 331条Unigenes，涉及284条代谢通路。在独脚金中共鉴定到30条Unigenes涉及黄酮类生物合成，同时还鉴定到778个转录因子（TFs）。采用微卫星识别软件（MISA）对组装的1 000 bp以上的Unigenes分析发现，13 107条Unigenes包含17 036个简单重复序列（SSR）位点。【结论】利用转录组数据分析为独脚金的重要功能基因鉴定和次生代谢通路的挖掘奠定了研究基础。

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