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油棕WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 周丽霞 1 ; 曹红星 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院椰子研究所/海南省热带油料作物生物学重点实验室

关键词： 油棕;基因组;WRKY转录因子;生物信息学;表达分析

期刊名称： 广西植物

ISSN： 1000-3142

年卷期： 2020 年 007 期

页码： 977-987

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 该研究从NCBI网站下载油棕全基因组序列信息,从The Arabidopsis Information Resource(TAIR)数据库中下载得到拟南芥WRKY转录因子序列,并在油棕基因组数据库中进行BLAST同源序列比对分析,通过NCBI在线工具CDD和PFAM数据库进行蛋白结构与分析,剔除无WRKY结构域的系列,利用生物信息学方法对油棕WRKY转录因子进行分析及功能预测.结果表明:(1)从油棕基因组数据库中发掘WRKY转录因子95个,该WRKY转录因子蛋白质所编码氨基酸大小为116~1 303 bp,95个均为亲水性蛋白,总体为不稳定蛋白(EgWRKY25和EgWRKY56除外),60个蛋白以α-螺旋为主要二级结构元件,35个以无规卷曲为主要二级结构元件.(2)保守结构域系统进化树结果表明,油棕WRKY转录因子家族蛋白主要分为三大类,即I、Ⅱ和Ⅲ类,其中I类分为I C、I N亚类,Ⅱ类分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc和Ⅱd亚类.(3)内含子和外显子结构显示,EgWRKY基因结构进化高度保守.以上结果为油棕WRKY转录因子的挖掘、功能分析及分子生物学研究奠定了基础,同时为分子育种和遗传改良提供了参考.

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