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一株橡胶降解菌Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400的全基因组测序及功能挖掘

文献类型： 中文期刊

作者： 常江 1 ; 周宇 1 ; 张诗妤 1 ; 夏效东 2 ; 唐标 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院农产品质量标准研究所

2.西北农林科技大学食品科学与工程学院

关键词： Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400;全基因组完成图;橡胶降解

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2019 年 009 期

页码： 4036-4040

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400是一种新发现的具有降解天然橡胶能力的革兰氏阴性菌,为进一步探究该菌株降解天然橡胶的作用机制,挖掘菌株可能存在的功能特性,本研究使用第三代高通量测序技术对R. gummiphilus NBRC 109400进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测,并对其橡胶降解蛋白进行挖掘.该菌株基因组大小为6 398 100 bp,GC含量为69.72%.该基因组共预测得到9个次级代谢产物合成基因簇,其中2号基因簇与来自菌株Delftia acidovorans SPH-1的delftibactin金生物矿化基因簇同源并进行了探究.定位了该菌株的橡胶降解关键蛋白LatA橡胶加氧酶,同时,预测到一个可能与菌株降解橡胶途经相关的同工蛋白CPZ8707230.全基因组序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号为CP024645.以上研究将为菌株NBRC 109400的功能基因组学研究及橡胶降解特性研究提供基础数据.

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