文献类型： 中文期刊

作者： 严佳文 ¹ ; 肖图舰 ² ; 袁启凤 ² ; 解璞 ² ; 彭志军 ² ; 毛永亚 ² ; 马玉华 ³ ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院果树科学研究所

2.;贵州省农业科学院果树科学研究所

3.;贵州省农业科学院果树科学研究所;

关键词： 火龙果;转录组;SSR;SNP

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2018 年 07 期

页码： 1338-1343

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为深入挖掘火龙果SSR和SNP分子标记,以自交亲和型火龙果新种质‘黔蜜龙’转录组序列为基础,系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征。转录组序列组装共获得96 800个unigene,其中28 471个unigene在数据库中得到注释,在各个数据库中均得到注释的有5 800个。从unigene中搜寻到26 167个SSR位点,出现频率为0.35个/kb。SSR重复类型共180种,单核苷酸重复最多(66.00%),其次为二核苷酸重复(23.01%)、三核苷酸重复(9.99%),其他类型较少(1.00%)。SSR长度在10~381 bp,10~11 bp的SSR有7 988条(30.53%),长度12~20 bp的有15 901条(60.77%),长度21~40 bp的有1373条(5.25%),长度大于40 bp的有905条(3.46%)。unigene中共有357 330个SNP位点,发生频率为1/204 bp,其中碱基转换位点226 165个(63.29%),碱基颠换位点141 165个(36.71%)。6种单碱基变异类型中,C/T、A/G的发生频率最高,分别占31.91%和30.38%。A/T、A/C、T/G和C/G这4种颠换类型分别占SNP总数的7.85%、7.85%、7.2%和13.09%,碱基转换类型比例高于颠换类型。火龙果转录组序列中的SSR和SNP位点丰富,筛选多态性、准确率高的引物,有望在火龙果遗传多样性分析、品种鉴定和遗传图谱构建等方面得到应用。