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禽巴氏杆菌环丙沙星耐药株转录组测序与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 孔令严 1 ; 罗青平 2 ; 卢琴 2 ; 邵华斌 2 ; 李槿年 3 ;

作者机构： 1.长江大学动物科学学院长江大学黑猪研究所湖北省农业科学院畜牧兽医研究所

2.湖北省农业科学院畜牧兽医研究所

3.安徽农业大学畜牧水产学院

关键词： 禽源多杀性巴氏杆菌;转录组测序;GO功能分析;KEGG功能分析;耐药机制

期刊名称： 中国预防兽医学报

ISSN： 1008-0589

年卷期： 2017 年 04 期

页码： 262-266

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为鉴定禽源多杀性巴氏杆菌(Avian Pasteurella multocida,Pm)敏感株与环丙沙星(Cip)耐药株的差异表达基因,本研究采用高通量转录组测序的RNA-seq技术对敏感株与Cip耐药株进行检测,参考Pm70株基因组(NC_002663.1)进行拼接与质量评估,测序数据处理后获得表达差异基因,利用GO和KEGG数据库对表达差异基因进行注释与富集性分析,并利用荧光定量PCR对转录组测序中的差异表达基因进行验证。结果显示,所有样品测序数据参考Pm70全基因组匹配率均达到95.87%以上,对基因差异表达进行分析后鉴定得到19个差异表达基因,其中15个上调,4个下调。通过GO功能富集分析显示差异表达基因主要为转运运输功能,并对差异表达基因进行信号通路富集性分析,结果表明最具代表性的信号通路为"ABC转运蛋白"(ko02010)。推测禽源Pm中的ABC转运蛋白超家族可能在Cip耐药机制中具有重要作用。

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