文献类型： 中文期刊
作者： 王继华 1 ; 罗群胜 2 ; 梅瑜 1 ; 杨少海 1 ;
作者机构： 1.广东省农业科学院作物研究所
2.乐昌市农业科学研究所
关键词： 张溪香芋;转录组;功能注释;EST-SSR
期刊名称： 基因组学与应用生物学
ISSN： 1674-568X
年卷期： 2020 年 39 卷 012 期
页码： 5697-5704
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 张溪香芋是天南星科植物槟榔芋(Colacasia escuenla Schott)的一个优良品种,是中国国家地理标志产品和广东省乐昌市特产.本研究采用Illumina HiSeq 2500进行测序,共得到52 831 334个clean reads(总长为7 285 427 215 bp)用于生物信息学分析.通过过滤、de novo组装,获得46 639个Unigenes,N50为1 658 bp,GC含量为55.04%.共有23 628个Unigenes (50.66%)得到注释,其中NR数据库注释的基因最多(23 174 Unigenes,49.69%),在NR、KEGG、Swissprot、KOG数据库中都能得到注释的Unigenes有2 699个.GO功能注释主要分为Biological process, Cellular component和Molecular function三个类别,分别注释到26、22和18个GO terms.208条代谢通路在KEGG数据库中得到注释;KOG中获得10 489个注释基因,分为25个子类.转录组数据中注释到55类,共5 979个植物转录因子.11280个Unigenes上预测出SSR位点14119个,SNP多态位点40 675个和7 252个InDel,并设计出相应的EST-SSR引物.张溪香芋的转录组数据为以后解析其基因功能和开发分子标记等研究提供宝贵的数据基础.
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