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二倍体西瓜及其同源四倍体叶片sRNA表达谱分析

文献类型： 中文期刊

作者： 龙娅丽 1 ; 江雪飞 1 ; 周鹏 1 ; 徐子健 1 ; 孙梦利 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院科技信息研究所;海南大学热带农林学院;中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词： miRNA;西瓜;多倍体;抗逆性

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2018 年 04 期

页码： 661-668

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 植物多倍化后的基因表达平衡重建受到sRNA调节,miRNA是植物多倍化中基因表达进行反式调控的主要小分子成员。本研究利用新一代高通量测序对西瓜二倍体(2n)及其同源四倍体(4n)叶片的sRNA进行表达谱测序分析。结果表明:(1)2n中sRNA以21 nt为主,4n中则以24 nt为主。(2)在2n和4n鉴定出已知miRNA分别为110个和172个,新miRNA分别为246和829个,其中差异表达的已知miRNA 205个,新miRNA 815个。(3)GO功能显著性富集分析表明差异表达的miRNA在细胞组成、代谢过程及催化活性上显著富集。(4)KEGG代谢分析表明,差异表达的已知miRNA主要富集在初级代谢和次级代谢途径上,新miRNA则主要富集在植物激素信号转导途径、RNA转运途径和ABC转座子途径上。(5)差异表达的miRNA中与植物抗逆胁迫相关的已知miRNA 25个,新miRNA 62个,且80.46%抗逆miRNA在西瓜二倍体中上调表达,是四倍体中的4倍以上。根据miRNA的负向调控原理推测这些上调表达的miRNA在西瓜二倍体中可能会抑制部分抗逆基因的表达,影响二倍体的抗逆性。本研究在转录后调控调控水平上为西瓜多倍体较二倍体拥有更强抗逆性提供了理论依据,同时对西瓜多倍体及二倍体之间的基因表达谱分析做了补充。

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