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一种SSR分子标记冗余性的生物信息学分析方法

专利类型： 中国发明申请

专利权人： 山西省农业科学院棉花研究所

发明人： 王长彪;吴慎杰;王娟;王为;李朋波;杨六六;姚景珍;董哲生

专利号： CN201010601582.0

摘要： 本发明公开了一种SSR分子标记冗余性的生物信息学分析方法，包括以下步骤：A1，下载公共数据库中的相关SSR分子标记或者自己开发的SSR分子标记；A2，对所述SSR分子标记进行预处理，转化成FASTA格式；A3，把处理好的FASTA文件备份一个文件，后缀名为“.bk”，使用该备份文件作为输入，对各个物种的SSR分子标记分别比对，查询相似性序列；A4，从A3得到的结果中按照相似匹配分值不低于81％；同时没有gap；来过滤一对引物，然后提取相似引物编号；A5，把所有相似引物写入一行，输出最终结果文件out.list。同一研究者开发时间不同造成在同一物种中开发的SSR分子标记存在有冗余，利用本发明的方法可以达到去冗余的目的。

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