科研产出
丝瓜多酚氧化酶PPO基因家族的克隆与表达分析
《核农学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：多酚氧化酶(PPO)是参与酚类物质氧化的主要酶类之一,在果蔬褐变中发挥重要作用。为探究丝瓜中PPO基因家族的功能,以闽丝3号丝瓜为试验材料,通过转录组测序和RT-PCR方法获得了3个丝瓜PPO基因家族的c DNA序列,依次命名为Lc PPO1(Gen Bank登录号为KM506756)、Lc PPO2(Gen Bank登录号为KR819890)和Lc PPO3(Gen Bank登录号为KX092429);Lc PPO1基因全长2 026 bp,包含一个1 794 bp的ORF,编码598个氨基酸;Lc PPO2基因全长2 071 bp,ORF为1 722 bp,编码574个氨基酸;Lc PPO3基因全长2 189 bp,ORF为1 779 bp,编码593个氨基酸;3个基因均无内含子,其编码的蛋白与甜瓜、黄瓜同源蛋白的相似性较高。生物信息学分析表明,3个基因编码的酶蛋白均无信号肽,无跨膜结构域,为亲水性稳定蛋白,Wolf Psort预测其亚细胞定位于叶绿体。Lc PPO具有PPO蛋白的典型特征,分别具有PPO1-DWL、PPO1-KFDV 2个结构域和一个能够结合2个铜离子(Cu A、Cu B)的中央域酪氨酸酶。实时荧光定量PCR分析显示,Lc PPO家族的3个基因在丝瓜根、茎、叶、花和果实中均有表达。在丝瓜采后储藏期间,3个PPO基因初期表达上调,后期表达量受到抑制;在丝瓜鲜切条件下,Lc PPO1和Lc PPO2基因表达量总体呈先上升后下降趋势,Lc PPO3基因鲜切后表达量均低于采后0h。Lc PPO基因家族基因表达、PPO活性、总酚与丝瓜褐变关系密切,其中Lc PPO1、Lc PPO2在普通丝瓜果肉褐变过程中可能发挥着重要作用。本研究结果为进一步揭示丝瓜褐变的发生机理和丝瓜品种遗传改良奠定了一定的理论基础。
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一株茶大灰象甲寄生真菌的分子鉴定及其毒力测定
《茶叶科学 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为明确分离自茶大灰象甲(Sympiezomias citri)自然羅病死亡成虫僵虫的一株寄生真菌Bbr4941菌株的具体分类归属及其生防潜力,对该菌株的rDNA-ITS序列和Bloc序列进行了PCR扩增、测序及系统进化树构建。结果明确了它为布氏白僵菌(Beauveria brongniartii)。在此基础上,利用浸虫法研究该菌株对茶大灰象甲成虫的室内毒力。结果表明,高浓度(每毫升5.0×10~7孢子)孢悬液处理时,第7天累计校正死亡率为100%,LT_(50)为3.916 d。以上研究表明Bbr4941菌株对茶大灰象甲成虫具有很强的杀虫毒力,有望在今后茶大灰象甲的生物防治中发挥重要作用。
关键词： 茶大灰象甲 昆虫病原真菌 rDNA-ITS Bloc序列 毒力
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黄泥田土壤真菌群落结构和功能类群组成对施肥的响应
《应用生态学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：研究长期不同施肥黄泥田土壤真菌群落组成和功能特性,深入认识真菌对不同施肥的响应机理,可以为合理施肥和保证农田土壤健康发展提供科学依据.设置不施肥(CK)、单施无机肥(NPK)、无机肥配施农家肥(NPKM)、无机肥加秸秆还田(NPKS)4个处理,采用Illumina高通量测序和FUNGuild对不同施肥处理下黄泥田土壤真菌群落结构和功能群进行分析.结果表明:从门水平上看,土壤真菌群落主要由子囊菌、担子菌和接合菌构成,且以子囊菌为主(47%~74%).NPKM和NPKS处理中子囊菌的相对丰度分别为49%和47%,显著低于CK(71%)和NPK(74%)处理,从目水平上看,减少的主要为肉座菌、格孢腔菌和散囊菌.NPKM和NPKS处理担子菌相对丰度分别为18%和28%,高于CK(14%)和NPK(10%)处理,从目水平上看,增加的主要为银耳菌、糙孢伏革菌和伞菌.与CK相比,单施无机肥降低了担子菌含量.不同施肥处理均在一定程度上增加了接合菌门的丰度,从目水平看,以内囊霉菌和粪蛙霉菌为主.NPK处理真菌α多样性指数显著低于其他处理,NPKM和NPKS处理的丰富度指数(Chao1和ACE)高于CK和NPK处理.不同处理之间真菌的营养类型以腐生营养型为主(48%~57%),NPKM和NPKS处理的共生营养型真菌相对丰度为17%,显著高于CK和NPK处理,增加的以丛枝菌根真菌、外生菌根真菌为主.NPK处理动物病原菌含量(10%)显著高于其他处理.冗余分析(RDA)结果表明,土壤含水量、孔隙度和盐度是影响真菌群落结构和功能类群组成的主要因子,其次为有机质和总氮.长期单施无机肥降低真菌种群多样性,增加致病菌含量,不利于土壤健康,而有机无机肥配施可在一定程度上提高真菌种群丰富度指数和共生真菌比例,有利于保持黄泥田稻田土壤健康的生态环境和真菌群落的多样性.
关键词： 真菌 功能类群 高通量测序 FUNGuild 施肥
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不同品种嘉宝果叶片提取物的抗氧化活性
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨4个嘉宝果品种叶片不同溶剂提取物的抗氧化活性,分析其与总多酚、总黄酮含量的相关性,为嘉宝果叶片的开发提供理论依据。【方法】以沙巴、四季早生、福冈、阿根廷等4个品种嘉宝果嫩/老叶片为研究对象,分别用水、50%乙醇(体积分数,下同)、70%乙醇和无水乙醇进行提取,检测提取物中的总黄酮、总多酚含量,分析提取物对DPPH·、·OH、ABTS+自由基的清除能力,以及总多酚、总黄酮含量与3种自由基清除能力的相关性。【结果】各嘉宝果品种均表现为嫩叶的总黄酮、总多酚含量高于老叶,其中以沙巴嫩叶70%乙醇提取物总多酚含量最高(273.70mg/g),阿根廷嫩叶70%乙醇提取物总黄酮含量最高(213.45mg/g)。各嘉宝果品种嫩叶的抗氧化活性均高于老叶,沙巴嫩叶各提取物抗氧化活性在同溶剂提取物中最强,其次为四季早生嫩叶、阿根廷嫩叶和福冈嫩叶。不同溶剂提取物抗氧化活性差异明显,表现为70%和50%乙醇提取物抗氧化活性优于无水乙醇及水提取物。相关性分析表明,醇提取物抗氧化活性与叶片总多酚含量极显著正相关(P<0.01)。【结论】沙巴嫩叶70%乙醇提取物总多酚含量最高、抗氧化活性最强,是天然抗氧化剂的良好来源。
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基于宏基因组茉莉花植株土壤细菌多样性研究
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：土壤微生物多样性是反映土壤质量的重要指标,本研究利用16S r RNA高通量测序技术对茉莉花(Jasminum sambac Ait)植株土壤细菌组成进行测定,分析不同月份的细菌群落结构差异,探究细菌多样性与土壤理化性质关系。研究结果表明,茉莉花植株土壤中细菌多样性丰富,包括41个门、98个纲、225个目、427个科和799个属,其中变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)是土壤样品中细菌物种丰度较高的6个门类。五个月份土壤中变形菌门均是丰度最高(22.0%~28.4%)的门类,酸杆菌门在6月份土壤中的丰度最低(11.7%),表明该月份土壤质量最好。10月份土壤样本细菌多样性指数Shannon指数最高(6.9264)、Simpson指数最小(0.002901),表明该月份土壤细菌群落多样性最高,说明低温有利于提高土壤微生物多样性。聚类和主成分分析结果表明,7、8和9月份三个月份土壤的细菌群落构成相似度高,而6月或10月与其他月份群落构成差异大。冗余分析和热图分析结果表明,土壤p H值、有机质、总氮、碱解氮、总磷、速效磷、总钾和速效钾对微生物群落组成有显著影响,其中土壤p H值、总磷和速效钾为最主要的影响因子;而且,厚壁菌门、放线菌门和绿弯菌门与土壤p H值、有机质、总氮、碱解氮、总磷和总钾呈正相关。本研究结果将为茉莉花的花期田间管理和土壤生态平衡保持提供理论参考。
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鸭瘟病毒新近分离毒株部分基因变异分析
《畜牧兽医学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在研究鸭群中新流行的鸭瘟病毒(duck plaque virus,DPV)感染状况及其分子特征。本研究对2016—2017年福建不同地区疑似感染DPV的发病鸭组织样品进行了检测、病毒分离和部分基因的序列分析。从临床样品中分离获得24株DPV,发现确诊感染DPV鸭的日龄存在品种差异性,其中半番鸭和番鸭感染DPV的日龄中位值分别为90和88d,而麻鸭感染DPV的日龄中位值为287d。对DPVUL56/LORF5基因、TK/gH基因及UL2区域的序列分析表明,分离毒株均未出现基因片段缺失,与我国DPV参考强毒株的序列相似性均在99%以上,但在UL56/LORF5基因及TK基因上存在有规律性的核苷酸变异。经分子系统进化分析发现,新近流行的DPV毒株与我国参考强毒株(GroupⅠ)处于不同进化分支,为GroupⅡ进化分支,且可进一步细分为两个不同的亚分支(GroupⅡa、GroupⅡb)。以上结果揭示,新近流行的DPV毒株感染不同品种鸭存在日龄差异性,与我国DPV参考强毒株相比已出现不同程度的变异,应加强对该病毒的分子流行病学监测,实时了解其流行变异情况,为新流行鸭瘟的快速准确诊断和防控提供科学依据。
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樱桃谷鸭源鹅出血性多瘤病毒(GHPV)全基因组克隆与分析
《农业生物技术学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：鹅出血性多瘤病毒(Goose hemorrhagic polyomavirus,GHPV)为近年来我国鸭群新发病原。为明确我国鸭源GHPV基因组特征,本研究利用分段PCR扩增技术克隆获得樱桃谷鸭(Anas platyrhynchos domestica)源GHPV(FJ201601株)全基因组序列,并对其进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析。结果表明,克隆的GHPV(FJ201601株)全基因组序列长为5 254 bp(Gen Bank登录号MG544856),(G+C)%含量为48.01%,编码的6个主要功能基因(ORF-X,VP2,VP3,VP1,Large T和Small T)长度分别为510、981、654、1062、1 911和483 bp。核苷酸同源性分析表明,FJ201601株和其他不同地区、不同宿主来源GHPV相互之间基因组核苷酸同源性较高(99.7%以上);其6个主要功能基因和其他不同地区、不同宿主来源GHPV相应基因的核苷酸(99.4%以上)和氨基酸同源性(98.2%以上)均极高。从全基因组及其编码的6个主要功能基因遗传进化关系可见,GHPV各分离株在基因组上亲缘关系较近,6个主要功能基因在遗传进化上差异不大,但北京鸭源GHPV和樱桃谷鸭源GHPV在遗传进化上仍存在细微差别,且不同宿主(多品种鸭和鹅)源GHPV在遗传进化上不存在宿主特异性。本研究丰富了GHPV分子流行病学数据,明确了GHPV基因组分子特征,为后续开展GHPV相关研究提供参考。
关键词： 鹅出血性多瘤病毒(GHPV) 樱桃谷鸭源 基因组 序列分析 遗传进化
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福建西番莲上首次检出东亚西番莲病毒
《园艺学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为明确东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)在福建西番莲上的发生情况,采用血清学和RT-PCR检测技术对采集的西番莲病样进行检测,并对阳性样品PCR产物进一步克隆、测序和序列分析。结果表明,11份样品的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)病毒血清学检测结果为阳性,大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)血清学检测结果均为阴性;应用Potyvirus属通用引物从11份样品中扩增得到预期大小约660 bp的目的片段,序列比对发现,其中10份阳性样品与已报道的夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)核苷酸序列高度一致,1份样品与已报道的EAPV核苷酸序列一致性超过98.3%。针对EAPV疑似样品(命名为FJBXG-P1),利用特异性引物扩增得到预期大小约955 bp的目的片段,获得的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列全长870 bp(Gen Bank登录号:MG650164)。序列比对发现,EAPV分离物FJBXG-P1的CP基因序列与已报道的EAPV核苷酸序列、氨基酸序列一致性分别为81.0%~97.6%和84.0%~96.9%;系统发育分析结果表明,38个EAPV分离物在系统发育关系上聚为两簇(GroupⅠ和GroupⅡ),其中GroupⅠ为AO株系,GroupⅡ为IB株系,FJBXG-P1分离物属于AO株系。福建西番莲上EPAV的检出,是该病毒在中国大陆地区发生的首次报道。
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长期施肥对黄泥田土壤微生物群落结构和多样性的影响
《农业现代化研究 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为揭示微生物群落结构特征和多样性对不同施肥的响应机制及与土壤环境因子的关系,以黄泥田水稻土为研究对象,设置不施肥(CK)、单施化肥(NPK)、化肥配施秸秆(NPKS)3个处理,采用Illumina Miseq高通量测序平台对土壤细菌16S r RNA基因和真菌ITS基因进行测序,分析不同施肥对细菌、真菌群落结构和多样性的影响。结果表明,黄泥田土壤细菌的主要类群为Acidobacteria、Proteobacteria、Chloroflexi、Actinobacteria和Firmicutes,而真菌主要由Ascomycota、Basidiomycota和Zygomycota构成。长期施肥导致土壤细菌和真菌群落结构及相对丰度产生显著差异。与CK相比,NPK和NPKS处理黄泥田土壤的Proteobacteria、Actinobacteria和Zygomycota相对丰度分别增加26.58%和45.84%、30.36%和55.45%、86.17%和68.08%。细菌的α多样性方面,不同处理的Shannon和Simpson指数无显著性差异,但NPK处理的Chao1和ACE指数均显著低于CK和NPKS处理。真菌α多样性指数均表现为NPK处理显著低于CK和NPKS处理。RDA分析结果表明,细菌群落结构主要受盐度、孔隙度、总氮、微生物生物量氮、有机质、微生物生物量碳和含水量的影响,而真菌群落结构的关键影响因素是含水量、孔隙度和盐度,其次为总氮、微生物生物量氮、有机质和微生物生物量碳。土壤p H对细菌和真菌的群落结构影响较小。因此,不同施肥影响细菌和真菌的群落结构组成和多样性。有机无机肥配施提高细菌和真菌的多样性,改变细菌和真菌的群落结构组成,为改良土壤质量和维持农田生态系统功能提供理论依据。
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