科研产出
基于高通量测序的丁酸梭菌对肉鸡盲肠菌群结构的影响
《浙江农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：采用高通量测序技术分析饲料中添加丁酸梭菌对肉鸡盲肠菌群结构的影响。选用300羽1日龄肉鸡随机分成2组,每组6个重复,每个重复25羽鸡,分别饲喂基础日粮和基础日粮+丁酸梭菌3×10~7cfu·kg~(-1)的试验日粮。在42日龄阶段称量体质量后每个重复取3羽公鸡用于采集盲肠内容物,提取其基因组DNA,用特异性引物扩增细菌16S rRNA基因V3-V4区,采用基于Illumina Miseq测序平台对细菌16S rRNA基因进行测序分析。结果表明,添加丁酸梭菌可以显著地降低肉鸡的料肉比(P<0.05)。肉鸡盲肠中细菌主要是硬壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和软壁菌门;在门的水平上,丁酸梭菌处理具有降低硬壁菌门丰度、增加拟杆菌门丰度的趋势。在属的水平上,瘤胃菌属(Ruminococcaceae_uncultured)、粪栖杆菌属(Faecalibacterium)、别样杆菌属(Alistipes)、毛螺菌属(Lachnospiraceae_incertae_sedis)是肉鸡盲肠中的主要优势菌属;丁酸梭菌处理使肉鸡盲肠中粪栖杆菌(Faecalibacterium)、别样杆菌(Alistipes)、类杆菌属(Bacteroides)、Phascolarctobacterium和丁酸梭菌(Butyricicoccus)相对丰度显著升高(P<0.05),毛螺菌属(包括Lachnospiraceae_incertae_sedis和Lachnospiraceae_unclassified)、理研菌属(Rikenella)、链球菌(Streptococcus)和Blautia属相对丰度显著降低(P<0.05),其中丰度显著升高菌群为主要的短链脂肪酸生成菌。由此表明,日粮中添加丁酸梭菌可降低肉鸡的料肉比,增加盲肠中产短链脂肪酸菌群的丰度。
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基于SSR标记的浙江地方柚类种质资源遗传关系分析
《果树学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对浙江地方柚类种质资源进行遗传多样性分析,为其搜集保护和合理利用提供参考。【方法】利用23对SSR引物进行遗传多样性分析并构建种质鉴定图。【结果】23对引物共检测到91个等位变异位点,变异范围为2~7,平均每对SSR引物可检测到4.0个等位位点;23个SSR位点的观察杂合度、期望杂合度和多态性信息含量分别为0.51、0.54和0.47。UPGMA聚类结果显示:18份供试材料在遗传相似性系数为0.71时分成A1~A3、B1、C1和D1共6个组群,其中A1组包括‘四季柚’‘红肉四季柚’和‘佛香柚’等7份种质,A2组包括‘永嘉红心柚2号’‘青田红心柚’和‘木兰柚’3份果肉颜色为粉红色的种质,A3组包括‘处红柚’‘永嘉红心柚1号’‘古磉柚’和‘官南红柚’4份果肉颜色为红色的种质,‘官南土柚’和‘文成红心柚’自成B1和C1组,‘常山胡柚’和‘槾文柑’2个杂种柚类型聚为D1组。【结论】浙江地方柚类种质资源有丰富的遗传多样性,基于AG14、CAG01、CMS-16和CMS-26 4对引物组合构建浙江地方柚类资源的种质鉴定图,可将18份柚类种质进行区分。
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基于CRISPR/Cas9技术的水稻pi21基因编辑材料的创制及稻瘟病抗性鉴定
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用CRISPR-Cas9技术,对水稻稻瘟病感病品种日本晴pi21基因进行定点突变,获得了抗稻瘟病的pi21隐性突变株系。基因编辑载体T0转化植株的检测结果表明,86.7%的T0植株的pi21基因靶序列发生了碱基缺失。通过T-DNA序列的PCR检测,剔除携带T-DNA的T1植株,从23个T1株系筛选获得107个不含T-DNA转基因序列的植株。然后对pi21的编辑位点进行酶切和测序分析,获得了21株pi21纯合突变体。对1个pi21突变株系进行稻瘟病菌孢子喷雾接种,与未转化日本晴相比,突变株系显著抗病。对接种水稻样品的6个病程相关基因进行q RT-PCR分析,与感病日本晴比较,pi21突变株系在接种稻瘟病菌后,病程相关基因诱导表达的速度更快,表达量更高。本研究利用基因编辑技术,实现了对感稻瘟病水稻的定点突变并提高了其稻瘟病抗性水平,为利用该技术培育持久抗稻瘟病水稻品种奠定了研究基础。
关键词： pi21 CRISPR/Cas9 水稻稻瘟病抗性 病程相关基因 qRT-PCR
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采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响
《食品科学 》 2017 EI 北大核心 CSCD
摘要：目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响。方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果:两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异(P>0.05)。高通量测序结果表明,冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7个门,10个属。变形菌门为优势菌门,占70%以上;希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属,分别占10%~20%。结论:两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响,但冲洗法比涂抹法简单易行,且不易发生二次污染,因此更具有实用性。本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料。
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重庆大巴山地区中蜂遗传多样性分析
《黑龙江畜牧兽医 》 2017 北大核心
摘要：为了保护大巴山地区的中蜂资源,试验采集重庆市城口县111只中蜂样本,采用线粒体DNA tRNAleu-COⅡ基因测序的方法对大巴山中蜂进行遗传多样性分析。结果表明:大巴山地区111只中蜂样本中共检测到单倍型21种,群体的单倍型多样度(Hd)为0.859 0,平均核苷酸差异数(K)为2.482,核苷酸多样度(Pi)为0.006 01,其中有5个单倍型属于首次发现的单倍型。说明大巴山地区中蜂的遗传多样性较高,具有独特的遗传背景,其开发潜力,尤其是保种和育种价值很大。
关键词： 大巴山 中蜂 遗传多样性 线粒体tRNAleu-COⅡ 保种价值 线粒体DNA
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鸭坦布苏病毒E蛋白线性化B细胞抗原表位的鉴定
《浙江农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为鉴定鸭坦布苏病毒(duck Tembusu virus,DTMUV)的B细胞抗原表位,以纯化的DTMUV YY5株为抗原制备了2株单克隆抗体AE4和BD10,研究证实BD10为线性化表位,其结合的抗原表位位于E蛋白的第三结构域(DomainⅢ,D_Ⅲ)。将DTMUV E蛋白D_Ⅲ结构域基因截短为具有末端相互重叠的15段,与MBP融合表达后以单克隆抗体BD10进行肽库扫描,结果筛选出DTMUV一个B细胞线性表位_(385)LVGSGKGQI_(393)(EP385)。该表位原核融合表达产物免疫小鼠制备的抗体,能够和DTMUV E蛋白反应,表明EP385表位具有良好的免疫原性,可为DTMUV多肽疫苗的研制及特异血清学诊断方法的开发奠定基础。
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甜瓜果实主要数量性状的配合力分析
《中国瓜菜 》 2017 北大核心
摘要：为提高甜瓜杂交育种过程中优势组合的选配效率,以15份高代自交系甜瓜为材料,采用NC-Ⅱ(Incomplete diallel crossⅡ,不完全双列杂交)试验设计配制56个杂交组合,分析了7个甜瓜果实主要数量性状的配合力及遗传力。结果表明,W4各个性状一般配合力效应值较高,是综合性状比较优良的亲本,可作为甜瓜优良品种选育的骨干亲本材料。在特殊配合力效应值方面,W5×A2是比较优良的杂交组合。在遗传力分析中,果实中心及边缘糖度的广义和狭义遗传力均较小,其余均较高。试验结果可为甜瓜果实品质育种过程中杂交亲本材料的选择提供理论依据。
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