带属绦虫线粒体基因组全序列生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贾万忠

作者： 贾万忠;闫鸿斌;史万贵;王玉朝;郭爱疆;詹芳;付宝权;才学鹏

作者机构：

关键词： 带属;线粒体基因组;生物信息学分析;进化树;分子分类

期刊名称： 中国兽医学报

ISSN： 1005-4545

年卷期： 2010 年 30 卷 11 期

页码： 1480-1485

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过利用生物生物信息学方法分析带属绦虫线粒体DNA(mtDNA)碱基组成、基因结构、密码子利用、基因变异及其在分子系统进化研究中的应用价值等,以期为带属虫种线粒体功能基因组学研究、分子分类学研究及其疾病诊断提供重要依据。从NCBI GenBank中下载已测序的6种带属绦虫线粒体基因组(mt genome)全序列,以细粒棘球绦虫mtDNA序列作为参考序列(外群),用ClustalX软件(1.83)(http://www2.ebi.ac.uk/clustal w/)进行多重序列比对,用DNAStar软件进行序列差异性分析,用MEGA4软件的邻接法(Neighbor-joining method)构建进化树,核苷酸进化距离算法用最大似然法(Maxi mumlikelihood method),氨基酸进化距离算法用泊松校正法(Poissoncorrection method),进化树检验用自展法(Bootstrap test)。tRNA和2个非编码区RNA二级结构预测分别使用软件ARWEN和RNAstructure Version 4.6。结果显示,带属绦虫mtDNA为双链闭环分子,为13.3~13.7 kb;4种碱基成分中,T含量最高(超过47%),C含量最低(低于9%);共有36个按照相同顺序排列的编码基因,其中蛋白质编码基因有12个,tRNA编码基因有22个(其中编码丝氨酸-tRNA和亮氨酸-tRNA的基因有2个,其余18种tRNA分子各有1个),rRNA编码基因有2个(包括1个大亚基和1个小亚基)。基因组结构紧凑,基因间存在重叠区域,如nad4L和nad4基因;除广泛使用ATG作为起始密码子编码蛋氨酸,部分基因如多头绦虫nad6基因用GTG作为蛋白质翻译的起始密码子。线粒体tRNA长度为58~76 nt,二级结构多数呈典型的三叶草结构,少数呈D-loop结构;2个线粒体rRNA亚基基因rrnL和rrnS被trnC基因分隔开;线粒体基因组有2个大的非编码区,1个长非编码区(LNR)和1个短非编码区(SNR);线粒体基因组中蛋白编码基因之间的差异为5.7%~28.9%,其中cox1和nad4L基因比较保守,而nad5和nad6则变异较大,进化较快。结果表明,根据线粒体基因组序列绘制的带属绦虫分子进化树表明,亚洲带绦虫(T.asiatica)和牛带绦虫(T.saginata)间的亲缘关系最近,成为姊妹种,而多头绦虫(T.multiceps)与前两者的亲缘关系比猪带绦虫(T.solium)与前两者的关系更近,但与虫种的生物学特征存在一定差异。

分类号： S852.7

  • 相关文献

[1]带属绦虫线粒体基因组全序列分析. 贾万忠,闫鸿斌,王玉朝,郭爱疆,詹芳,付宝权,施万贵,田广孚,才学鹏. 2009

[2]吸虫线粒体基因组及其应用研究进展. 贾万忠,闫鸿斌,史万贵,郭爱疆,詹芳. 2011

[3]蠕虫线粒体基因组研究及其应用进展. 贾万忠,闫鸿斌,倪兴维,娄忠子,李宏民,曹平,才学鹏. 2011

[4]北京鸭RIG-I基因的克隆及其生物信息学分析. 王同淑,李传峰,陈宗艳,孟春春,吴润. 2015

[5]利用DNA条形编码探讨云南野柞蚕的分类学地位. 朱绪伟,刘彦群,李喜升,霍锡敏,姜义仁,秦利. 2008

[6]基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征. 万全,郑将臣,程起群,赵金良. 2010

[7]腔阔盘吸虫18S rRNA及亲缘关系分析. 郑亚东,骆学农,施程洪,宗瑞谦,景志忠,才学鹏. 2006

[8]新疆蜱传无浆体病原的检测及分子分类研究. 杨吉飞,刘志杰,牛庆丽,关贵全,李有全,陈泽,罗建勋,殷宏. 2015

[9]旱麦草属种质资源的随机扩增多态性DNA(RAPDs)分析. 张继益,董玉琛,贾继增,蒋观敏. 1999

[10]葱属植物分类研究进展. 武亚红,赵青,王海平. 2021

[11]熊蜂属系统进化的分子生物学研究进展(综述). 黄家兴,吴杰,彭文君,安建东,国占宝,李继莲,童越敏. 2005

[12]离褶伞属分类学研究概况. 汪小庆,周德群,张小雷,李树红. 2013

[13]烟粉虱与温室白粉虱内共生菌的分子比较研究. 谭周进,谢丙炎,肖启明,杨宇红,冯兰香. 2004

[14]基于分子分类的石斛兰杂交结实性探讨. 任羽,王呈丹,陆顺教,张志群,尹俊梅. 2015

[15]基于两个核基因序列研究龟鳖类的系统进化特征. 郑将臣,万全,程起群,赵金良. 2011

[16]利用ITS和AFLP标记探讨中国、日本和澳大利亚3种珠母贝的亲缘关系. 喻达辉,朱嘉濠. 2006

[17]西藏当雄牦牛皮蝇蛆病病原的分子分类鉴定. 色珠,关贵全,夏晨阳,次仁多吉,拉巴次旦,罗建勋,殷宏,佘永新,姚海潮,曾江勇,鲁志平,杨德全,吴金措姆,四郎玉珍. 2012

[18]利用MFLP标记分析栽培种花生遗传多样性. 韩柱强,王育荣,高国庆,熊发前. 2010

[19]腔阔盘吸虫18SrRNA及亲缘关系分析. 郑亚东,骆学农,施程洪,宗瑞谦,景志忠,才学鹏. 2006

[20]我国牛的巴贝斯虫分子分类学研究. 罗建勋,殷宏,刘光远,关贵全,刘志杰,刘爱红,党志胜,马米玲,鲁炳义,孙彩琴,白启,吕文顺,陈溥言. 2004

作者其他论文 更多>>

微信小程序