甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系优化与引物筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 徐刚红

作者： 姜子德;沈万宽;罗明珠;饶得花

作者机构：

关键词： 甘蔗黑穗病菌;SCoT标记;体系优化;UPGMA聚类分析

期刊名称： 华中农业大学学报

ISSN： 1000-2421

年卷期： 2015 年 34 卷 06 期

页码： 33-39

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条引物,并利用这10条引物对10份地理来源和寄主来源不同的甘蔗黑穗病菌交配型菌株基因组DNA进行SCoT标记,结果共扩增出86条带,多态性比率为58.67%,平均每条引物扩增8.60条。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数为0.75的水平上,可将10个菌株分为3类,聚类结果与菌株的地理来源有一定的相关性。

分类号： S435.661

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