黄皮转录组SSR挖掘及其可用性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陆育生

作者： 陆育生;陈喆;常晓晓;邱继水;林志雄;潘建平

作者机构：

关键词： 黄皮;转录组;SSR;可用性分析

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2018 年 01 期

页码： 149-158

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用MISA软件筛选黄皮(Clausena lansium)转录组测序获得的68 998条Unigene,共检测出单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点11 825个,分布于11 000条Unigene中,出现频率为17.14%,平均分布距离为4.41 kb。6种SSR位点类型中主要为单、二、三个核苷酸重复,分别占总SSR位点的41.48%、24.92%和27.53%。11 825个SSR位点中共发现207种重复基序,重复次数在4~24次之间,其中出现频率高的基序有A/T、AG/CT、AT/AT、AAG/CTT和AAT/ATT。位点序列长度分布在12~25 bp之间,其中12~15 bp最多,占50.95%(6 025个SSR位点)。通过Primer 3设计得到6 102对SSR引物,随机选择30对引物进行多态性验证分析,结果显示24对有效扩增引物中,13对引物在16份不同黄皮种质中表现出多态性。以上结果表明,黄皮转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,开发的大批量SSR标记可为黄皮种质资源遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。

分类号： S666.6

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