基于全基因组的芽孢杆菌平均核苷酸同源性(ANI)分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘波

作者： 刘波;胡桂萍;唐唯其

作者机构：

关键词： 芽孢杆菌;系统发育;平均核苷酸同源性;Jspecies

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2013 年 09 期

页码： 833-843

摘要： 采用Jspecies软件分析芽孢杆菌全基因组之间平均核苷酸同源性(ANI)的特征性。结果表明,芽孢杆菌属间、种间及亚种间两两菌株间ANI与其分类地位相关,具有明显属种特异性,其中芽孢杆菌科不同属之间的ANI值分布于50%～65%;芽孢杆菌种间ANI值均低于95%,分布范围为65%～90%,加权平均数为70.12%,其中90%的ANI值低于70%;芽孢杆菌亚种间ANI值分布主要范围为90%～96%,占90%。因此,芽胞杆菌属间的ANI鉴定标准建议定为50%～65%,芽胞杆菌种间的ANI鉴定标准建议定为65%～90%,芽胞杆菌亚种间的ANI鉴定标准建议定为90%～96%。同时,基因组中的四核苷酸(Tetra)回归系数与ANI值具有相关性,表现明显属种特征性,回归拟合显示两者呈现一元二次方程关系,y=271-573.58x+399.65x2(R2=0.981 2),同时高于70%的ANI值与相应的Tetra回归系数呈线性正相关,方程式为y=178.58x-81.521(R2=0.876 7)。

分类号： Q933

  • 相关文献

[1]常用益生菌在鲟鱼饲料添加剂中的应用及研究进展. 李小义,孔杰,赵凤,杨明举. 2016

[2]一株产酸性α-淀粉酶菌株的筛选、纯化及酶学性质. 师永生,杜丽琴,黄日波,韦宇拓. 2011

[3]樱桃流胶病拮抗内生细菌的筛选与初步鉴定. 郭建伟,高玲玲,杨丽芬,杨建,李繤,田学军. 2015

[4]添加甘蔗渣悬浮颗粒和芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长和养殖环境的影响. 叶建勇,单洪伟,王贤丰,马甡. 2016

[5]甘蔗渣悬浮颗粒和芽孢杆菌在凡纳滨对虾高位池养殖中的应用. 叶建勇,单洪伟,李色东,马甡. 2016

[6]药用芽孢杆菌对常用中草药的耐药性试验. 王世荣,杨丙田,宋青楠,王延秋. 2013

[7]产纤维素酶芽孢杆菌10768原生质体紫外诱变探讨. 钟丽娟,赵新海,池景良,张庆华,朱巍巍,关艳丽. 2014

[8]生防细菌的分离鉴定的研究简报. 张克诚,石义萍,萨日娜. 2008

[9]芽孢杆菌SDNY-037对黄瓜灰霉病的防治效果及其发酵条件的优化. 王海利,张晓慷,张新刚. 2018

[10]3种芽孢杆菌对辣椒的促生作用. 尹向田,纪绍兰,杨阳. 2017

[11]常见几种芽孢杆菌产淀粉酶的比较. 王世荣,徐龙,张树华,杨震国. 2005

[12]产木聚糖酶菌株YS1069的产酶条件优化. 董延娟,郝建华,郑鸿飞,孙谧. 2016

[13]新疆棉花保健增产菌菌株鉴定. 孙严,杨秀荣,谢浩. 1991

[14]常见水产药物对两种水产益生菌活性的影响. 张峰峰,谢凤行,周可,赵玉洁,樊振中,张敏. 2013

[15]生防细菌B579的分离筛选及鉴定. 杨秀荣,刘水芳,孙淑琴,刘亦学,张学文,张惟. 2008

[16]固氮芽孢杆菌GD272的筛选鉴定及其固氮性能研究. 张燕春,孙建光,徐晶,胡海燕. 2009

[17]微生态制剂对产蛋后期蛋鸡生产性能及饲料营养物质消化率的影响. 范彧,李笑樱,马秋刚,陈余,贾亚雄,计成,付国强,王晓霞. 2012

[18]盐胁迫下根际细菌对杨树生长和生理的影响. 岳东霞,张要武. 2011

[19]盐胁迫下芽孢杆菌对黄瓜灰霉病的防治作用. 岳东霞,张要武,韩桐华. 2011

[20]利用复合微生物降解养殖水体中亚硝酸盐的初步研究. 张峰峰,谢凤行,周可,赵玉洁,李亚玲. 2012

作者其他论文 更多>>

微信小程序