基于转录组测序研究调控黄羽肉鸡干毛性状关键基因和信号通路

文献类型： 中文期刊

第一作者： 姬改革

作者： 姬改革;陈智武;单艳菊;刘一帆;屠云洁;邹剑敏;章明;巨晓军;束婧婷;张海涛;唐燕飞;蒋华莲

作者机构：

关键词： 鸡;干毛;毛囊;RNA-seq;基因;信号通路

期刊名称： 中国农业科学

ISSN：

年卷期： 2024 年 001 期

页码： 204-215

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】通过比较干毛和未干毛羽毛毛囊的形态学和基因表达差异，挖掘调控黄羽肉鸡羽毛干毛性状的重要候选基因和信号通路。【方法】分别采集背部未干毛和干毛羽毛皮肤组织样本各3个，运用组织切片技术，比较干毛和未干毛羽毛毛囊形态学差异；运用RNA-seq技术，比较两组样本之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），并对其进行功能富集分析和蛋白互作网络构建；采用荧光定量PCR技术（RT-qPCR）对测序结果准确性进行验证。【结果】证实未干毛羽毛的毛囊处于生长期，已干毛的羽毛毛囊处于静止期。以未干毛毛囊（生长期）皮肤样本为对照，在干毛毛囊（静止期）皮肤样本中发现了942个DEGs（|fold-change|＞2和P＜0.05），其中384个基因表达下调，558个基因表达上调。Go功能分析显示细胞分裂、周期调控等相关生物过程被显著富集（P＜0.05）。KEGG分析发现，MAPK、TGF-β、p53及DNA复制等相关信号通路被显著富集（P＜0.05）。构建差异蛋白相互作用（PPI）网络，通过CytoHubba分析获得6个hub基因，分别为CDK1、MAD2L1、BUB1、CCNB2、PLK1和BUB1B。GSEA富集分析筛选到紧密连接、胰岛素、MAPK、TGF-β和细胞周期等信号通路与鸡羽毛毛囊生长周期显著关联（|NES|＞1, FDR＜0.25）。RT-qPCR结果显示8个DEGs表达趋势与RNA-seq结果基本一致。【结论】鸡羽毛的干毛性状与毛囊周期发育相关，MAPK和TGF-β等信号通路可能通过调控细胞周期相关基因的表达在羽毛生长发育中发挥重要作用；结果为进一步深入了解黄羽肉鸡羽毛干毛性状分子调控机制提供了基础资料。

分类号： S831

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