杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 钟淮钦

作者： 钟淮钦;林榕燕;林兵;吴建设;樊荣辉;叶秀仙

作者机构：

关键词： 杂交兰;转录组;EST-SSR;多态性

期刊名称： 中国细胞生物学学报

ISSN： 1674-7666

年卷期： 2020 年 002 期

页码： 286-295

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 该研究主要开发筛选适用于杂交兰的EST-SSR引物,为杂交兰种质资源评价和遗传变异研究等提供可靠的分子标记.该研究对杂交兰进行转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并对不同种质的遗传多样性进行分析.结果表明,从31 724 条杂交兰Unigene中检测出18 603个SSR位点,SSR出现频率为58.64%;SSR位点中的主导类型是单核苷酸重复,占总SSR的65.10%,其次是二核苷酸(23.56%)和三核苷酸(10.76%)重复;优势重复基元为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占总位点的64.72%、13.74%、8.19%和2.51%.利用Primer Premier 5.0共设计了565对SSR引物,从筛选出的64对有效扩增引物中随机选择28对引物,对40份杂交兰种质进行多态性验证与遗传关系分析,其中16对(占57.14%)引物表现出可重复的高多态性,平均多态信息量(PIC)达0.789.基于扩增的多态性SSR信息,40份种质资源可聚为4类,聚类结果与其遗传背景基本一致.该研究印证了转录组测序获得的Unigene是SSR标记开发的有效来源,开发的EST-SSR引物可为杂交兰及近缘种的良种鉴别、遗传图谱构建、分子标记辅助育种及功能基因挖掘等提供有价值的候选标记.

分类号： S682.31

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