基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张晓峰

作者： 张晓峰;杨晶;孙效文

作者机构：

关键词： 鲤鱼;生长;表达序列标签(EST);单核苷酸多态(SNP)

期刊名称： 水产学杂志

ISSN： 1005-3832

年卷期： 2009 年 22 卷 04 期

页码： 1-7

摘要： 以本研究室454测序获得的EST序列和公共数据库中下载的共255,768条鲤鱼EST序列为源序列,鉴定出与生长相关的EST序列5,375条;采用QualitySNP软件,在31个EST重叠群中检测到69个可信度高的与生长相关的SNP,SNP发生频率为0.29/100个碱基。其中包括转换型35个,颠换型30个和缺失型4个。非同义SNP为46个,同义SNP为23个,二者比值为2.0。对所鉴定的SNP进行注释表明,这些包含SNP的生长相关基因归为20类,数量最多的为血纤维蛋白溶酶原基因4个、其次是载脂蛋白基因和磷酸甘油醛脱氢酶基因分别为3个。本研究所开发的SNP将促进鲤鱼生长性状的分子基础研究,为鲤鱼分子育种服务。

分类号： S917.4

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