川乡黑猪基因组选择信号分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 梁艳

作者： 梁艳;顾以韧;刘鹏亮;郝晓东;弥世荣;陶璇;杨雪梅;杨跃奎;王言;陈晓晖;龚建军;吕学斌;何志平

作者机构：

关键词： 川乡黑猪;SNP芯片;遗传结构;选择信号;候选基因

期刊名称： 中国畜牧杂志

ISSN： 0258-7033

年卷期： 2024 年 60 卷 012 期

页码： 164-168

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本文旨在研究川乡黑猪与杜洛克猪的群体遗传结构，筛选与川乡黑猪重要经济性状相关的基因组选择信号及候选基因。利用“中芯一号”SNP芯片，对286头川乡黑猪和251头杜洛克猪进行了SNP检测、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析以及进化树构建；运用FST和θπ方法筛选了川乡黑猪基因组中受选择的信号区域，并挖掘了潜在的候选基因。结果显示，对基因型数据进行质控后共获得31 196个SNP位点，在遗传结构和进化树中川乡黑猪与杜洛克可以明显分为2支。2个群体均表现出连锁不平衡随距离升高逐渐衰减的规律，且杜洛克的连锁不平衡强度高于川乡黑猪。选择信号分析筛选到671个在川乡黑猪中受选择的位点，涉及183个候选基因，包括6个可能与脂质代谢相关的基因（ARRDC3、FABP5、GGPS1、GNPAT、LIPA、MEF2C）,2个与抗病相关的基因（CD180、IFIT1）,3个与心肺发育以及低氧适应相关的基因（NKX2-5、SPRY2、EGLN1）以及3个与繁殖相关的基因（CPEB3、CCNH、 CCNB1）。研究结果为川乡黑猪种质资源的保护及利用提供了重要遗传信息，鉴定到的受选择位点和基因也为川乡黑猪的分子标记辅助选择提供了数据依据。

分类号： S828.2

  • 相关文献

[1]里岔黑猪基因组选择信号检测与分析. 何晓锦,郭建华,刘洪江,伊宝,于光辉,王源. 2024

[2]京星黄鸡IMF系全基因组选择信号检测分析. 王永丽,刘晓静,崔焕先,文杰. 2022

[3]全基因组选择信号解析野牦牛和天祝白牦牛的遗传差异. 鲍麒,梁春年,郭宪,李吉叶,褚敏,阎萍. 2022

[4]不同尾型绵羊全基因组选择信号检测. 刘真,王慧华,刘瑞凿,吴明明,张淑珍,张莉,赵福平,杜立新,魏彩虹. 2015

[5]德南牛全基因组变异解析和功能基因挖掘. 赵家豪,刘贤,张子敬,赵昭,杜蕾,吕世杰,雷初朝,王二耀,黄永震. 2024

[6]基于群体分化指数F_(ST)的绵羊全基因组选择信号检测. 曾滔,赵福平,王光凯,吴明明,魏彩虹,张莉,李利,张红平,杜立新. 2013

[7]"酉芯一号"在地方鸡遗传多样性和结构分析中的应用效力研究. 王梦燏,周成浩,薛倩,殷建玫,蒋一秀,张会永,李国辉,韩威. 2024

[8]基于SNP芯片分析瑶鸡2个群体亲缘关系. 束婧婷,屠云洁,唐燕飞,刘一帆,蒋华连,巨晓军,章明,单艳菊,姬改革,邹剑敏. 2021

[9]基于SNP芯片检测皖南花猪保种群遗传结构. 王静琳,吴旭东,何志兵,刘阳光,王小芬,丁月云,郑先瑞,张晓东,殷宗俊. 2024

[10]内江猪的遗传结构分析. 杨雪梅,陶璇,顾以韧,梁艳,雷云峰,杨跃奎,曾凯,王言,陈晓晖,龚建军,吕学斌. 2024

[11]基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究. 陶璇,杨雪梅,梁艳,刘一辉,汪勇,孔繁晶,雷云峰,杨跃奎,王言,安瑞,杨坤,吕学斌,何志平,顾以韧. 2023

[12]全基因组扫描筛选德保矮马矮小性状相关候选基因. 阿地力江卡德尔,董坤哲,刘雪雪,何晓红,蒋琳,马月辉. 2015

[13]油菜株高QTL定位、整合和候选基因鉴定. 张江江,詹杰鹏,刘清云,师家勤,王新发,刘贵华,王汉中. 2017

[14]生产优质川乡黑猪适宜的日粮能量水平研究. 杨坤,杨跃奎,龚建军,陈晓晖. 2024

[15]川乡黑猪新品种培育. 杨雪梅,杨跃奎,曾凯,陈晓晖,梁艳,陶璇,龚建军,何志平,王言,涂腾,安瑞,杨坤,吕学斌. 2025

[16]油菜蜂花粉对川乡黑猪公猪精液品质的影响. 杨坤,安瑞,曾凯,陈晓晖. 2024

[17]藏猪、川乡黑猪妊娠期子宫体繁殖功能相关lncRNA鉴定和功能预测. 王秋实,李江凌,赵素君,刘锐. 2024

[18]川乡黑猪重要经济性状SNP位点分型及分子系谱构建. 杨坤,安瑞,杨雪梅,顾以韧,陈晓晖,吕学斌. 2024

[19]不同日粮蛋白水平及采精频率对川乡黑猪精液品质与血液生化指标的影响. 杨坤,安瑞,杨跃奎,杨雪梅,陈晓晖. 2025

[20]川乡黑猪与杜洛克种公猪的精液品质对比. 冉波,涂腾,张庆,杨坤,安瑞,刘锐,陈晓晖,龚建军. 2025

作者其他论文 更多>>

微信小程序