利用WGCNA方法分析猪胚胎期骨骼肌发育相关共表达网络的研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 岳静伟

作者： 岳静伟;崔雪霞;王立贤;张龙超

作者机构：

关键词： 大白猪;民猪;骨骼肌;胚胎;加权共表达基因网络

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2022 年 03 期

页码： 59-63+130-131

收录情况： 北大核心

摘要： 为了了解猪胚胎期骨骼肌发育的共表达网络,并进一步揭示造成品种间骨骼肌发育差异的关键基因,试验分别选取大白猪和民猪妊娠第45,70,100天的怀孕母猪各1头,屠宰后采集胎儿的骨骼肌组织24份(大白猪和民猪各12份,即每个品种妊娠第45,70,100天各4份)进行测序,先对所有组织进行聚类分析以排除离群样品,然后采用加权共表达基因网络分析(weight gene co-expression network analysis, WGCNA)方法构建基因共表达模块,并进一步筛选阶段相关模块,对阶段相关模块中的所有基因进行GO富集分析,最后用DESeq2软件对阶段相关模块中的所有基因进行差异分析。结果表明:样品的比对率范围为94.0%～95.6%,共有23份样品可用于WGCNA分析。共构建了10个基因共表达模块,筛选出6个与阶段相关的共表达模块。在妊娠第45天相关模块基因显著富集到与细胞增殖、细胞循环和骨骼肌组织发育有关的生物学过程中;在妊娠第70天相关模块基因显著富集到与骨骼肌细胞分化有关的生物学过程中;在妊娠第100天相关模块基因显著富集到与线粒体呼吸链复合体Ⅰ组装和线粒体翻译有关的生物学过程中。分别在妊娠第45,70天相关模块中得到1 576,205个显著表达的差异基因,TNFAIP1、LCP1和VCAM1基因是导致大白猪和民猪骨骼肌发育差异的候选基因。说明大白猪和民猪胚胎期骨骼肌发育受基因转录水平的调控。

分类号： S828

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