动物遗传设计群体混合模型连锁分析方法

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杜杰

作者： 杜杰;李红旺;高会晓;崔妍;杨润清

作者机构：

关键词： LASSO;约束极大似然法;线性混合模型;系谱群体;基因定位

期刊名称： 上海交通大学学报(农业科学版)

ISSN： 1671-9964

年卷期： 2015 年 33 卷 04 期

页码： 65-70+76

摘要： 研究提出了一个同时含有主效基因和微效多基因的混合模型连锁分析方法。首先应用LASSO方法快速估计线性混合模型(LMM)非零的主效位点,并将这些位点效应视为固定效应;而后把基于约束极大似然法(REML)估计得到的微效多基因效应再放入LMM中作为随机效应;从而最终实现QTL遗传参数估计和基因定位连锁分析。针对系谱群体的定位分析,该模型,即LASSO-LMM法,不仅很好地继承了单独LASSO法的计算速度,而且还具有比单独LMM法更好的遗传参数估计稳健性。为了具体比较这3种定位方法,采用计算机模拟数据验证。结果表明,相比于单独LASSO法和单独LMM法,LASSO-LMM法在QTL遗传参数估计和统计效力上总体表现出更高的估计精确度和检测效率。

分类号： Q953

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