大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张志刚

作者： 张志刚;赵智中;李巧云;王晓;刘栓桃;王淑芬;徐文玲;刘贤娴;刘辰

作者机构：

关键词： 大白菜;重测序;全基因组;InDels标记;剩余杂合体(RHL)

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2016 年 24 卷 04 期

页码： 510-518

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,In Del)标记提供了可能。本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作。二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个In Dels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点。分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性In Dels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证。结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低。本研究中以He102与06-247为参照选择In Dels位点验证的平均假阳性率分别是51.9%和22.5%。从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记。利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础。

分类号： S634.1

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