桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨亚蒙

作者： 杨亚蒙;焦健;樊秀彩;张颖;姜建福;李民;刘崇怀

作者机构：

关键词： 桑叶葡萄;叶绿体基因组;重测序;聚类分析

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2019 年 04 期

页码： 635-648

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 桑叶葡萄(Vitis ficifolia)是中国重要的葡萄属野生资源。以桑叶葡萄'九里沟桑4号'为试验材料,利用Illumina HiSeq PE150测序平台完成了其全基因组重测序,并组装了其叶绿体基因组。注释结果表明,桑叶葡萄叶绿体基因组全长160 751 bp,呈典型的四分体结构,其大单拷贝区(large single copy,LSC)、反向重复序列(inverted repeat,IR)和小单拷贝区(small single copy, SSC)的长度分别为88 971、26 355和19 070 bp。注释共得到133个基因,包含88个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因。在桑叶葡萄中共搜索到84个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序个数分别为55、8、9、9和3个。用MEGA软件,通过邻接法对包括5个葡萄种类的32个种的叶绿体基因组序列进行聚类分析,结果表明,桑叶葡萄与山葡萄(Vitis amurensis)、欧亚种'黑比诺'(V.vinifera'Pinot Noir')、夏葡萄(V.aestivalis)以及圆叶葡萄(V.rotundifolia)具有较近的亲缘关系。

分类号： S663.1

  • 相关文献

[1]桑叶葡萄和刺葡萄果皮中酚类物质的组成分析. 张明霞,刘崇怀,张静,樊秀彩. 2011

[2]长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析. 刘福利,王飞久,邵展茹. 2012

[3]贝母属植物叶绿体基因组候选SNP位点应用分析. 兰青阔,赵新,陈锐,王成,陈笑芸,汪小福,王永,兰璞. 2020

[4]木薯叶绿体基因组密码子偏好性分析. 赵英,付海天,金刚,徐钏,宋恩亮,罗燕春,莫永龙. 2022

[5]黑喉石斛叶绿体基因组特征及比较分析. 杜致辉,杨澜,张朝君,许红娟,陈之林. 2021

[6]禾本科主要农作物叶绿体基因组研究进展. 李裕华,任永康,赵兴华,刘江,韩斌,王长彪,唐朝晖. 2020

[7]构建结球甘蓝KIN基因在叶绿体基因组定点表达的载体. 陶鹏,黄小云,李必元,王五宏,岳智臣. 2015

[8]南五味子属叶绿体基因组密码子偏好性分析. 刘涛,尹登攀,金吉芬,彭志军,李兴忠,汪得凯. 2023

[9]‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析. 王小柯,郑乾明,罗怿,柏自琴,李文云,李金强,蔡永强. 2019

[10]茶树叶绿体基因组的研究与应用进展. 杨雨青,谭娟,汪芳,彭顺利,陈婕,谭明燕,吕美艳,周富裕,刘声传. 2024

[11]三倍体茶树'西莲1号'叶绿体基因组特征及系统发育分析. 刘振,赵洋,杨培迪,成杨,唐怀廷,杨阳. 2023

[12]彩色花椰菜叶绿体全基因组特征分析. 朱惠霞,陶兴林,刘明霞. 2023

[13]扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析. 田春育,武自念,李贤松,李志勇. 2021

[14]小檗属植物叶绿体基因组序列结构及系统发育分析. 李述成,郭生虎,贝盏临. 2022

[15]基于叶绿体InDel标记对玉米S型胞质不育制种鉴定的研究. 田红丽,晏朋涛,王蕊,杨扬,许理文,易红梅,王元东,宋伟,席章营,赵久然,王凤格. 2019

[16]欧洲原始野生甘蓝的收集引进及其遗传多样性和群体遗传结构的分析. 许鲲,伍晓明,陆光远,陈碧云,高桂珍. 2009

[17]野生大麻叶绿体基因组分子多态标记的筛选与开发. 张庆滢,陈璇,郭孟璧,郭蓉,许艳萍,杨明,郭鸿彦. 2017

[18]高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子偏好性分析. 李亚麒,严炜,娄予强,黄家雄,胡发广,付兴飞,李亚男,程金焕. 2023

[19]棉花叶绿体70 S核糖体S7蛋白基因的克隆和序列分析. 樊卫华,沈燕新,张中林,沈桂芳. 1997

[20]复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性分析. 肖明昆,聂恺宏,沈绍斌,刘倩,段春芳,李月仙,张林辉. 2023

作者其他论文 更多>>

微信小程序