文献类型： 中文期刊
第一作者： 杨亚蒙
作者： 杨亚蒙;焦健;樊秀彩;张颖;姜建福;李民;刘崇怀
作者机构：
关键词： 桑叶葡萄;叶绿体基因组;重测序;聚类分析
期刊名称： 园艺学报
ISSN： 0513-353X
年卷期： 2019 年 04 期
页码： 635-648
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 桑叶葡萄(Vitis ficifolia)是中国重要的葡萄属野生资源。以桑叶葡萄'九里沟桑4号'为试验材料,利用Illumina HiSeq PE150测序平台完成了其全基因组重测序,并组装了其叶绿体基因组。注释结果表明,桑叶葡萄叶绿体基因组全长160 751 bp,呈典型的四分体结构,其大单拷贝区(large single copy,LSC)、反向重复序列(inverted repeat,IR)和小单拷贝区(small single copy, SSC)的长度分别为88 971、26 355和19 070 bp。注释共得到133个基因,包含88个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因。在桑叶葡萄中共搜索到84个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序个数分别为55、8、9、9和3个。用MEGA软件,通过邻接法对包括5个葡萄种类的32个种的叶绿体基因组序列进行聚类分析,结果表明,桑叶葡萄与山葡萄(Vitis amurensis)、欧亚种'黑比诺'(V.vinifera'Pinot Noir')、夏葡萄(V.aestivalis)以及圆叶葡萄(V.rotundifolia)具有较近的亲缘关系。
分类号： S663.1
- 相关文献
[1]桑叶葡萄和刺葡萄果皮中酚类物质的组成分析. 张明霞,刘崇怀,张静,樊秀彩. 2011
[2]长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫. 2016
[3]利用混池重测序鉴定萨福克绵羊超数排卵关键调控基因. 滑留帅,辛晓玲,王璟,罗生金,曾滔,巴提玛,施巧婷,徐照学,王二耀. 2019
[4]利用重测序染色体片段代换系群体定位水稻籽粒长宽比QTL. 卫纯洁,陶亚军,范方军,李文奇,王芳权,许扬,陈智慧,仲维功,杨杰,王军. 2020
[5]不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析. 贾小平,张博,全建章,李剑峰,王永芳,袁玺垒. 2019
[6]基于重测序番茄InDel标记的开发. 张国儒,唐亚萍,杨涛,帕提古丽,王柏柯,李宁,王娟,李晓琴,余庆辉,杨生保. 2019
[7]基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用. 陆海燕,陈璐,王显生,赵涵,沈奇. 2019
[8]基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用. 陆海燕,陈璐,王显生,赵涵,沈奇. 2019
[9]利用重测序技术开发高粱多态性SSR分子标记. 王平,王春语,张丽霞,丛玲,朱振兴,陆晓春. 2019
[10]全基因组选择技术在反刍动物遗传育种中的研究进展及其应用. 张顺进,寇浩玮,丁晓婷,刘贤,蔡雯雯,张子敬,施巧婷,茹宝瑞,雷初朝,黄永震. 2021
[11]基于重测序的芥蓝(Brassica alboglabra)全基因组InDel标记开发. 洪晓如,吴智明,陈汉才,黎庭耀,沈卓,张艳. 2021
[12]基于高密度SNP遗传图谱的粳稻芽期耐低温QTL鉴定. 姜树坤,王立志,杨贤莉,李波,母伟杰,董世晨,车韦才,李忠杰,迟力勇,李明贤,张喜娟,姜辉,李锐,赵茜,李文华. 2020
[13]基于高通量测序的大麦InDel标记开发及应用. 徐婷婷,汪巧玲,邹淑琼,狄佳春,杨欣,朱银,赵涵,颜伟. 2020
[14]长三角地区兼用型鸭全基因组遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫,刘怡. 2017
[15]利用SLAF-seq结合BSA方法发掘大豆种皮色相关基因. 郁晓敏,金杭霞,杨清华,傅旭军,郭丹丹,吕晓男,袁凤杰. 2021
[16]耐盐转基因大豆事件AtARA6-A001外源插入片段侧翼序列及其应用. 孙星邈,侯云龙,王英哲,关诗宇,邱红梅,张玲. 2024
[17]大粒香基因组重测序分析. 龙武华,刘毅,姜雪,李祖军,吴娴,朱速松. 2024
[18]烤烟品种中川208特异性指纹图谱的构建及分析. 贾振国,王亚男,罗成刚,张玉,耿锐梅,陈志强,杨爱国,刘国祥,任民. 2023
[19]基于高深度基因组重测序的‘铁观音’茶树无性繁殖后代遗传变异研究. 侯炳豪,高婷,魏月德,高水练,蔡银笔,陈志明,金珊,张兴坦,王鹏杰,叶乃兴. 2023
[20]黄瓜嫩果皮色基因QTL定位分析. 窦文文,沈镝,麦尔旦·努尔阿伍提,董洪霞,邱杨,李锡香. 2018
作者其他论文 更多>>
-
磁性二氧化硅复合材料制备及其对磺酰脲类除草剂的吸附研究
作者：张颖;叶宇航;司文帅
关键词：磁性二氧化硅复合材料;制备;表征;吸附;磺酰脲
-
外源性雄激素17ɑ-甲基睾酮诱导性逆转过程中施氏鲟肝脏转录组的分析研究
作者：何铮;李禹韬;王若愚;曹顶臣;孙志鹏;王思涵;张依宁;张颖
关键词：17α-甲基睾酮;性腺组织学;类固醇激素;转录组测序
-
129份葡萄属(Vitis L.)种质资源枝条抗寒性鉴定评价
作者：吴文桐;马潇乐乐;王星;林美苓;徐志鹏;刘崇怀;郭印山;姜建福
关键词：葡萄属;抗寒性;评价;低温半致死温度;差热分析
-
母体高尿酸血症对妊娠的影响及其表观遗传机制的研究进展
作者：张燠诗;范冰峰;张颖;许保增
关键词：高尿酸血症;妊娠;代谢综合征;表观遗传
-
苹果β-微管蛋白基因家族鉴定及表达特性分析
作者：黄慧玲;王延翔;王悦;宁芹芹;李明;郝鹏博;丛柳;白团辉;史江莉;焦健;王苗苗;刘昱;赵玉洁;万然;申亚文;张恒涛;张坤玺;郑先波
关键词：苹果;微管蛋白;基因家族;矮生
-
σB激活因子样Lmo1642缺失对单核细胞增生李斯特菌环境应激和生物被膜形成的影响
作者：张亚萍;李能秀;焦健;季春辉;王立霞;才学鹏;孟庆玲;乔军
关键词：单核细胞增生李斯特菌;lmo1642;环境应激;生物被膜
-
基于电子鼻的酿酒葡萄果实香气鉴定评价
作者：刘学伟;刘崇怀;樊秀彩;张颖;孙磊;黄丽亚;姜建福;牛生洋
关键词：电子鼻;酿酒葡萄;种质资源;香气
